Quy trình làm việc với đoàn kiểm tra thuế diễn ra như thế nào?

Chào Duyên,

Quy trình làm việc với đoàn kiểm tra thuế tại doanh nghiệp gồm các bước: tiếp nhận quyết định kiểm tra, công bố quyết định, cung cấp hồ sơ và giải trình, lập biên bản kiểm tra, sau đó nhận kết luận hoặc quyết định xử lý. Theo Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/08/2026, doanh nghiệp có trách nhiệm phối hợp với đoàn kiểm tra, đồng thời có quyền giải trình và đưa ra ý kiến đối với những nội dung chưa thống nhất.

Để chủ động khi làm việc với đoàn kiểm tra, em nên thực hiện theo trình tự sau:

1. Tiếp nhận và kiểm tra quyết định

Khi nhận quyết định kiểm tra thuế, em cần xác định rõ kỳ tính thuế, nội dung kiểm tra, thời gian thực hiện và thành phần đoàn kiểm tra.

Doanh nghiệp nên phân công người đại diện làm việc, đồng thời chuẩn bị sổ sách, báo cáo tài chính, tờ khai thuế và chứng từ thuộc phạm vi kiểm tra.

2. Phối hợp khi đoàn công bố quyết định

Đoàn kiểm tra tiến hành công bố quyết định tại trụ sở doanh nghiệp theo quy định. Em cần phối hợp xác nhận thông tin và thống nhất đầu mối cung cấp hồ sơ.

3. Cung cấp chứng từ và giải trình số liệu

Kế toán cung cấp hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, sổ kế toán và những tài liệu liên quan theo yêu cầu hợp pháp của đoàn kiểm tra.

Cần chú ý thời hạn cung cấp tài liệu, đặc biệt là mốc 6 giờ làm việc kể từ khi nhận yêu cầu đối với hồ sơ, tài liệu thuộc phạm vi quy định trong quá trình kiểm tra.

Ví dụ: Đoàn kiểm tra yêu cầu giải trình khoản chi phí thuê dịch vụ 80 triệu đồng. Em cần chuẩn bị hợp đồng, hóa đơn, biên bản nghiệm thu, chứng từ thanh toán và tài liệu chứng minh dịch vụ thực tế phát sinh.

Nếu số liệu chưa thống nhất, em nên giải thích rõ nguyên nhân và cung cấp căn cứ, không tự điều chỉnh sổ sách để khớp với nhận định của đoàn.

4. Kiểm tra và ký biên bản

Khi kết thúc kiểm tra, đoàn sẽ công bố dự thảo biên bản để doanh nghiệp xem xét.

Em cần đối chiếu số liệu, nội dung giải trình và các khoản chênh lệch trước khi trình người đại diện có thẩm quyền ký.

Nếu chưa đồng ý với kết quả kiểm tra, doanh nghiệp có quyền trình bày ý kiến và yêu cầu ghi nhận nội dung chưa thống nhất. Trường hợp có giải trình, thời hạn hoàn thiện và ký biên bản thực hiện theo quy định, thông thường trong 5 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra.

5. Nhận và thực hiện kết quả kiểm tra

Sau khi có kết luận hoặc quyết định xử lý, doanh nghiệp cần kiểm tra những khoản thuế phải nộp bổ sung, tiền chậm nộp, tiền phạt và các yêu cầu khắc phục nếu phát sinh.

Em nên lưu toàn bộ biên bản, văn bản giải trình và hồ sơ liên quan để phục vụ theo dõi, đối chiếu sau kiểm tra.

Lưu ý: Không nên ký biên bản khi chưa đọc kỹ hoặc từ chối ký chỉ vì có nội dung chưa thống nhất. Doanh nghiệp cần sử dụng quyền giải trình, bảo lưu ý kiến theo đúng trình tự pháp luật.

Em có thể tham khảo thêm bài Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi bị kiểm tra thuế tại trụ sở? tại Kế toán Lê Ánh để nắm rõ các nhóm hồ sơ cần chuẩn bị, quy trình kiểm tra và quyền giải trình của doanh nghiệp.