Các Lỗi Thường Gặp Khiến Doanh Nghiệp Bị Truy Thu Thuế

Các lỗi thường gặp khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế thường xuất phát từ những sai sót trong kê khai thuế, hạch toán kế toán, quản lý hóa đơn – chứng từ và xác định chi phí được trừ. Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp bị cơ quan thuế truy thu và xử phạt với số tiền lớn không phải do gian lận, mà do thiếu hiểu biết quy định hoặc kiểm soát nội bộ chưa chặt chẽ. Những thiếu sót này có thể dẫn đến hậu quả tài chính và pháp lý nghiêm trọng, ảnh hưởng trực tiếp đến uy tín cũng như hoạt động sản xuất kinh doanh.

Bài viết dưới đây Kế toán Lê Ánh sẽ hệ thống chi tiết các lỗi thường gặp, phân tích nguyên nhân và gợi ý giải pháp giúp doanh nghiệp chủ động phòng tránh rủi ro truy thu thuế.

I. Truy Thu Thuế Là Gì? Khi Nào Doanh Nghiệp Bị Truy Thu?

Theo Luật Quản lý Thuế, truy thu thuế là việc cơ quan thuế ra quyết định thu hồi các khoản thuế mà người nộp thuế đã kê khai, nộp thiếu hoặc chưa nộp đúng quy định. Đây là biện pháp nhằm đảm bảo nghĩa vụ thuế được thực hiện đầy đủ, đúng pháp luật, đồng thời xử lý các trường hợp vi phạm trong quá trình kê khai, nộp thuế.

Các trường hợp thường bị truy thu

- Kê khai thiếu doanh thu, thu nhập chịu thuế dẫn đến số thuế phải nộp thấp hơn thực tế.

- Áp dụng sai thuế suất thuế GTGT hoặc thuế TNDN.

- Hạch toán sai thời điểm ghi nhận doanh thu, chi phí, dẫn đến chênh lệch số thuế phải nộp.

- Gian lận thuế, lập chứng từ, hóa đơn không hợp lệ, mua bán hóa đơn bất hợp pháp.

- Bỏ sót nghĩa vụ thuế phát sinh từ hoạt động kinh doanh hoặc các khoản thu nhập chịu thuế khác.

Thời hiệu truy thu và cách tính số tiền bị truy thu

Thời hiệu truy thu thuế được quy định rõ trong Luật Quản lý Thuế. Thông thường, cơ quan thuế có quyền truy thu trong vòng 10 năm đối với các trường hợp khai sai, khai thiếu dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp. Đối với hành vi gian lận, trốn thuế, thời hiệu có thể kéo dài đến 20 năm.

Số tiền bị truy thu bao gồm:

• Số thuế còn thiếu: phần chênh lệch giữa số thuế đã kê khai – nộp và số thuế phải nộp thực tế.
• Tiền chậm nộp: được tính trên số thuế truy thu theo tỷ lệ phần trăm/ngày theo quy định tại thời điểm kiểm tra.
• Tiền phạt (nếu có): tùy theo mức độ vi phạm, cơ quan thuế có thể áp dụng thêm các hình thức xử phạt hành chính về thuế.

II. Các Sai Phạm Liên Quan Đến Hóa Đơn, Chứng Từ

Sai phạm về hóa đơn và chứng từ là một trong những nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp bị cơ quan thuế truy thu, xử phạt và loại trừ quyền khấu trừ thuế đầu vào. Phần lớn các trường hợp phát sinh từ việc kế toán không tuân thủ đúng thời điểm lập hóa đơn, sử dụng chứng từ không hợp lệ hoặc thiếu hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế.

Phần sai phạm về hóa đơn và chứng từ thường chiếm tỷ lệ lớn trong các đợt thanh, kiểm tra thuế.

1. Lập hóa đơn không đúng thời điểm

Doanh nghiệp xuất hóa đơn trước hoặc sau thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế theo quy định. Việc lập hóa đơn sai thời điểm không chỉ dẫn đến truy thu thuế GTGT mà còn có thể bị xử phạt hành chính. Đặc biệt, trong các hoạt động xây dựng, chuyển giao dịch vụ hoặc giao hàng nhiều đợt, kế toán cần xác định chính xác thời điểm chuyển quyền sở hữu hoặc hoàn thành dịch vụ để lập hóa đơn kịp thời.

2. Sử dụng hóa đơn không hợp lệ hoặc hóa đơn của nhà cung cấp bỏ trốn

Nhiều doanh nghiệp vô tình mua hàng hóa, dịch vụ từ nhà cung cấp sau đó bỏ trốn khỏi địa chỉ đăng ký, khiến hóa đơn đầu vào bị coi là không hợp lệ. Khi đó, cơ quan thuế thường loại toàn bộ giá trị hóa đơn, không chấp nhận khấu trừ thuế GTGT đầu vào và điều chỉnh chi phí được trừ khi tính thuế TNDN. Ngoài ra, việc sử dụng hóa đơn khống hoặc hóa đơn không có giao dịch thực tế sẽ bị xử lý nghiêm, có thể kèm theo truy thu, tiền phạt và tiền chậm nộp.

Ví dụ: Một doanh nghiệp mua nguyên vật liệu từ nhà cung cấp A, có đầy đủ hóa đơn và chứng từ thanh toán. Tuy nhiên, trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế xác định A đã ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh và không kê khai thuế. Kết quả, toàn bộ hóa đơn đầu vào bị loại, doanh nghiệp mất quyền khấu trừ thuế GTGT và bị truy thu số thuế đã khấu trừ kèm tiền chậm nộp.

3. Thiếu hồ sơ, chứng từ chứng minh giao dịch

Nhiều doanh nghiệp không lưu giữ đầy đủ hợp đồng, biên bản nghiệm thu, phiếu xuất kho hoặc các chứng từ liên quan. Khi cơ quan thuế kiểm tra, việc thiếu hồ sơ này khiến hóa đơn bị coi là không đủ căn cứ chứng minh giao dịch thực tế. Trong trường hợp đó, giá trị hóa đơn có thể bị loại khỏi chi phí được trừ và không được khấu trừ thuế đầu vào.

4. Hạch toán sai kỳ kế toán hoặc kê khai sót hóa đơn đầu vào

Một sai phạm khá phổ biến là kế toán ghi nhận hóa đơn đầu vào không đúng kỳ kế toán hoặc kê khai chậm, dẫn đến mất quyền khấu trừ thuế GTGT (do quá thời hạn kê khai) và gây sai lệch số liệu báo cáo tài chính. Việc này không chỉ dẫn đến truy thu thuế mà còn tiềm ẩn rủi ro khi quyết toán thuế TNDN.

Phần sai phạm về hóa đơn và chứng từ thường chiếm tỷ lệ lớn trong các đợt thanh, kiểm tra thuế. Do đó, kế toán doanh nghiệp cần thiết lập quy trình kiểm soát hóa đơn chặt chẽ, đảm bảo thời điểm lập, tính hợp lệ của hóa đơn và đầy đủ hồ sơ giao dịch nhằm hạn chế tối đa rủi ro truy thu.

III. Sai Phạm Trong Kê Khai Và Nộp Thuế

Sai phạm trong kê khai và nộp thuế là một trong những nguyên nhân chủ yếu dẫn đến việc cơ quan thuế truy thu, xử phạt và tính tiền chậm nộp đối với doanh nghiệp. Những vi phạm này thường phát sinh do kế toán không nắm chắc quy định, áp dụng sai chính sách thuế hoặc không thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai theo kỳ. Dưới đây là các sai phạm phổ biến:

1. Kê khai thiếu doanh thu, bỏ sót tờ khai

Một số doanh nghiệp không phản ánh đầy đủ doanh thu phát sinh vào tờ khai thuế GTGT hoặc tờ khai thuế TNDN, đặc biệt trong các hoạt động bán hàng nội bộ, hàng khuyến mại hoặc giao dịch không lập hóa đơn đúng thời điểm. Ngoài ra, tình trạng bỏ sót tờ khai thuế của một số kỳ kế toán cũng khá phổ biến, dẫn đến chênh lệch số liệu khi cơ quan thuế đối chiếu với dữ liệu hóa đơn điện tử, hệ thống ngân hàng hoặc báo cáo tài chính. Khi bị phát hiện, toàn bộ doanh thu chưa kê khai sẽ bị truy thu thuế kèm tiền chậm nộp.

2. Áp sai thuế suất GTGT hoặc kê khai sai loại hình xuất nhập khẩu

Việc áp dụng sai thuế suất GTGT (ví dụ: áp 5% thay vì 10%) hoặc kê khai sai loại hình xuất nhập khẩu dẫn đến việc xác định nghĩa vụ thuế không đúng. Đây là lỗi thường gặp ở các doanh nghiệp có nhiều loại hàng hóa, dịch vụ hoặc tham gia hoạt động xuất nhập khẩu nhưng chưa nắm chắc quy định về thuế suất và mã loại hình. Khi bị cơ quan thuế kiểm tra, doanh nghiệp sẽ phải nộp bổ sung phần chênh lệch thuế cùng tiền phạt và tiền chậm nộp.

Ví dụ: Một doanh nghiệp cung cấp dịch vụ vận tải áp dụng thuế suất GTGT 5% thay vì 10% do nhầm lẫn quy định. Sau khi cơ quan thuế kiểm tra, phần thuế GTGT bị thiếu trong nhiều kỳ đã được truy thu với tổng số tiền lên đến hàng trăm triệu đồng, kèm tiền chậm nộp.

3. Không kê khai đầy đủ các khoản thu nhập chịu thuế TNDN

Một số doanh nghiệp không kê khai hoặc kê khai thiếu các khoản thu nhập khác như: lãi tiền gửi, thu nhập từ thanh lý tài sản, chênh lệch tỷ giá, khoản thu từ chuyển nhượng... Các khoản này theo quy định đều phải tính vào thu nhập chịu thuế TNDN. Không kê khai đầy đủ dẫn đến xác định sai số thuế phải nộp, kéo theo truy thu khi quyết toán.

4. Nộp chậm hoặc không nộp thuế theo quy định

Doanh nghiệp nộp chậm hoặc không nộp các khoản thuế GTGT, TNDN, TNCN sau khi đã kê khai sẽ bị tính tiền chậm nộp theo tỷ lệ phần trăm/ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Trường hợp kéo dài có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và cưỡng chế thi hành nghĩa vụ thuế.

Các sai phạm trong kê khai và nộp thuế có thể không phát hiện ngay trong kỳ, nhưng khi cơ quan thuế tiến hành thanh, kiểm tra hoặc đối chiếu dữ liệu điện tử, các chênh lệch sẽ nhanh chóng được xác định. Vì vậy, kế toán cần rà soát kỹ tờ khai thuế định kỳ, nắm chắc quy định về thuế suất và chính sách để tránh rủi ro truy thu.

IV. Các Khoản Chi Không Được Trừ Khi Tính Thuế TNDN

Doanh nghiệp thường bị truy thu thuế TNDN khi hạch toán các khoản chi không đáp ứng điều kiện được trừ theo quy định. Các trường hợp phổ biến gồm:

• Hạch toán chi phí không có hóa đơn, chứng từ hợp lệ.
• Ghi nhận chi phí vượt định mức cho phép (tiếp khách, khấu hao, công tác phí…).
• Trả lương nhưng không có bảng lương, hợp đồng lao động kèm theo.
• Thanh toán tiền mặt cho hóa đơn có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.

Những khoản chi này khi bị loại sẽ làm tăng thu nhập chịu thuế, kéo theo truy thu thuế TNDN và tiền chậm nộp.

>>> Xem thêm: Chi Phí Được Trừ Và Không Được Trừ Khi Tính Thuế TNDN 2025 

V. Vi Phạm Trong Quản Lý Lao Động Và Quyết Toán Thuế TNCN

Công tác quản lý lao động và quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) có ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Nếu thực hiện không đúng quy định, doanh nghiệp không chỉ bị truy thu thuế TNCN mà còn bị xử phạt hành chính, tính tiền chậm nộp.

1. Không đăng ký mã số thuế TNCN cho người lao động

Một trong những lỗi thường gặp là doanh nghiệp không thực hiện đăng ký mã số thuế TNCN cho nhân viên, dẫn đến việc khấu trừ thuế theo mức 10% thay vì tính theo biểu thuế lũy tiến từng phần. Khấu trừ không đúng làm phát sinh chênh lệch số thuế phải nộp khi quyết toán, gây khó khăn cho cả doanh nghiệp và người lao động. Ngoài ra, người lao động không có mã số thuế sẽ không được giảm trừ gia cảnh, dẫn đến việc xác định thuế phải nộp không chính xác.

2. Không kê khai đầy đủ các khoản thu nhập chịu thuế

Nhiều doanh nghiệp chỉ kê khai tiền lương, tiền công cơ bản mà bỏ sót các khoản thu nhập khác như tiền thưởng, phụ cấp đặc thù, khoản chi bằng hiện vật, hỗ trợ nhà ở, điện thoại, ăn ca vượt mức quy định... Theo quy định, các khoản này (trừ những khoản được miễn theo Thông tư 111/2013/TT-BTC và văn bản hướng dẫn) đều phải tính vào thu nhập chịu thuế TNCN. Kê khai thiếu dẫn đến xác định sai nghĩa vụ thuế, gây truy thu khi cơ quan thuế kiểm tra bảng lương, hợp đồng lao động, quyết toán thuế và sổ sách kế toán.

3. Không thực hiện quyết toán thuế TNCN cuối năm hoặc quyết toán sai

Một số doanh nghiệp không thực hiện quyết toán thuế TNCN theo quy định hoặc nộp quyết toán muộn so với thời hạn. Bên cạnh đó, có trường hợp doanh nghiệp quyết toán nhưng không khớp với dữ liệu kê khai hàng tháng, dẫn đến chênh lệch số thuế phải nộp. Khi cơ quan thuế rà soát, toàn bộ phần thiếu sẽ bị truy thu kèm tiền chậm nộp.

Ngoài ra, việc không rà soát biến động nhân sự, không tổng hợp đúng số liệu thu nhập của cá nhân làm việc tại nhiều nơi cũng là nguyên nhân phổ biến dẫn đến sai sót trong quyết toán thuế TNCN.

Những vi phạm trong quản lý lao động và quyết toán thuế TNCN thường bị cơ quan thuế phát hiện khá nhanh nhờ đối chiếu dữ liệu từ hệ thống kê khai thuế, bảo hiểm xã hội và bảng lương điện tử. Doanh nghiệp cần thiết lập quy trình quản lý lao động, cập nhật kịp thời biến động nhân sự, kê khai đầy đủ và quyết toán đúng hạn để tránh nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt.

Các lỗi kê khai, hạch toán và quản lý thuế nếu không được kiểm soát chặt chẽ sẽ dẫn đến truy thu, xử phạt và ảnh hưởng trực tiếp đến uy tín cũng như dòng tiền của doanh nghiệp. Nắm vững quy định và áp dụng đúng ngay từ đầu là yếu tố then chốt để hạn chế rủi ro.

Để trang bị kiến thức chuyên sâu và kỹ năng xử lý tình huống thực tế, kế toán có thể tham gia Khóa học Kế toán thuế chuyên sâu tại Kế toán Lê Ánh, nơi học viên được hướng dẫn trực tiếp bởi chuyên gia nhiều năm kinh nghiệm và thực hành trên số liệu doanh nghiệp thực tế.