Quy Trình Kiểm Tra Thuế Mới Nhất 2026 Theo Quyết Định 1161/QĐ-CT: 8 Thay Đổi Doanh Nghiệp Cần Nắm

Quy trình kiểm tra thuế là trình tự, thủ tục cơ quan thuế áp dụng để đánh giá mức độ chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế. Theo Quyết định số 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 có hiệu lực kể từ ngày ký và thay thế Quyết định 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023. Nội dung được xây dựng trên cơ sở Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP cùng các Thông tư 89 và 94/2026/TT-BTC, cho thấy nhiều thay đổi đáng chú ý về cách thức kiểm tra, xử lý hồ sơ và trách nhiệm của các bên liên quan.

Bài viết dưới đây, Kế toán Lê Ánh phân tích 8 thay đổi quan trọng theo Quyết định 1161/QĐ-CT, bám sát từng quy định và đặt trong các tình huống doanh nghiệp thường gặp khi làm việc với cơ quan thuế.

I. Quyết định 1161/QĐ-CT là gì? Cơ sở pháp lý và hiệu lực thi hành

Quyết định 1161/QĐ-CT ban hành Quy trình kiểm tra thuế gồm 3 chương, 36 điều, quy định trình tự và thủ tục kiểm tra thuế của cơ quan thuế các cấp: Cục Thuế, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử, Thuế tỉnh thành phố và Thuế cơ sở. Quy trình áp dụng cho cả ba nhóm người nộp thuế: tổ chức, hộ và cá nhân kinh doanh, cá nhân có thu nhập chịu thuế.

Nền tảng pháp lý của quy trình mới bao gồm một chuỗi văn bản vừa được ban hành đồng bộ:

• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 — luật gốc thay thế Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, đặt cơ chế quản lý rủi ro làm nguyên tắc trung tâm của công tác kiểm tra.
• Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế, quy định các nội dung về ấn định thuế tại Điều 36 và Điều 37 mà đoàn kiểm tra viện dẫn khi doanh nghiệp không hợp tác.
• Thông tư 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 ban hành bộ biểu mẫu kiểm tra chuẩn hóa — từ thông báo giải trình, quyết định kiểm tra, biên bản cho đến kết luận kiểm tra.
• Thông tư 94/2026/TT-BTC ngày 01/7/2026 quy định về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro, làm cơ sở cho phân hệ chấm điểm rủi ro của ngành thuế.

Về điều khoản chuyển tiếp, doanh nghiệp cần phân biệt ba trường hợp theo thời điểm ban hành quyết định kiểm tra. Cuộc kiểm tra có quyết định ban hành trước ngày 01/7/2026 mà chưa có kết luận hoặc quyết định xử lý sẽ tiếp tục theo  Luật 38/2019 và Quy trình 970 cũ. Cuộc kiểm tra có quyết định ban hành từ 01/7/2026 đến trước 14/8/2026 mà chưa xử lý xong sẽ theo Luật 108/2025, còn các bước tiếp theo chưa thực hiện thì áp dụng Quy trình 1161. Cuộc kiểm tra có quyết định ban hành từ 14/8/2026 trở đi thực hiện trọn vẹn theo quy trình mới.

II. 8 thay đổi quan trọng của Quy trình kiểm tra thuế 2026

1. Chuyển trục hoàn toàn sang quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ

Thay đổi lớn nhất, chi phối toàn bộ những thay đổi còn lại, nằm ở tư duy quản lý. Cơ quan thuế không còn kiểm tra theo cách dàn đều cho mọi doanh nghiệp. Thay vào đó, hệ thống phân tích dữ liệu để chấm điểm rủi ro và xếp hạng mức độ tuân thủ, rồi tập trung nguồn lực kiểm tra nhóm rủi ro cao. Điều 6 của quy trình nêu rõ nguyên tắc: hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế được rà soát theo cơ chế quản lý rủi ro và ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin.

Hệ quả thực tế cho doanh nghiệp rất rõ ràng. Doanh nghiệp bị hệ thống đánh giá rủi ro cao sẽ rơi vào tầm ngắm trước tiên, trong khi doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ tốt và số liệu nhất quán được ưu tiên thấp hơn. Duy trì hồ sơ sạch và số liệu khớp nhau qua các kỳ kê khai giờ đây trở thành một chiến lược phòng thủ thực sự, chứ không đơn thuần là nghĩa vụ hình thức.

2. Ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử

Quy trình 1161 đưa kiểm tra trực tuyến và kiểm tra từ xa trên dữ liệu điện tử thành phương thức ưu tiên. Cơ quan thuế khai thác dữ liệu kê khai, dữ liệu hóa đơn điện tử và toàn bộ thông tin người nộp thuế đã nằm sẵn trong hệ thống ngành thuế để rà soát mà chưa cần đặt chân đến doanh nghiệp. Phần lớn cuộc kiểm tra khởi đầu tại trụ sở cơ quan thuế, dựa trên đối chiếu dữ liệu tự động.

Thực trạng này đặt ra một yêu cầu mới cho bộ phận kế toán: dữ liệu doanh nghiệp phát ra — từ hóa đơn điện tử đến tờ khai — chính là thứ cơ quan thuế nhìn thấy đầu tiên và đối chiếu chéo. Một hóa đơn đầu vào bất thường, một tờ khai lệch so cùng kỳ trước, hay chênh lệch giữa doanh thu trên tờ khai thuế giá trị gia tăng và tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp đều có thể kích hoạt cảnh báo rủi ro trên hệ thống.

3. Quy trình hai lần thông báo giải trình tại trụ sở cơ quan thuế

Đây là thay đổi mang giá trị thực tiễn cao nhất, và cũng là nơi nhiều doanh nghiệp đánh mất quyền lợi do thiếu hiểu biết. Điều 8 quy định trình tự xử lý hồ sơ rủi ro cao tại trụ sở cơ quan thuế theo các bước rất cụ thể:

• Bước rà soát: Công chức được giao nhiệm vụ kiểm tra đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai, đối chiếu tờ khai cùng tài liệu kèm theo, so sánh các chỉ tiêu cùng kỳ kê khai trước, rà soát hóa đơn điện tử mua vào bán ra và đối chiếu quy định pháp luật. Nếu hồ sơ được ứng dụng cảnh báo rủi ro cao nhưng rà soát thực tế không có dấu hiệu vi phạm, hồ sơ được chấp nhận lưu trữ.
• Thông báo giải trình lần 1: Trường hợp phát hiện dấu hiệu khai sai, cơ quan thuế ban hành Thông báo lần 1 theo Mẫu 01/KTT, yêu cầu doanh nghiệp giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu. Thời hạn giải trình ghi trong thông báo không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo. Doanh nghiệp giải trình hoặc khai bổ sung chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì hồ sơ được chấp nhận và lưu cùng hồ sơ thuế.
• Thông báo giải trình lần 2: Nếu doanh nghiệp đã giải trình nhưng chưa đủ căn cứ, hoặc hết hạn lần 1 mà chưa phản hồi, cơ quan thuế ban hành Thông báo lần 2 theo Mẫu 02/KTT. Thời hạn giải trình bổ sung tiếp tục không quá 10 ngày làm việc. Cơ quan thuế thông báo giải trình tối đa 2 lần.

Con số 10 ngày làm việc cho mỗi lần thông báo chính là cửa sổ vàng để doanh nghiệp bảo vệ mình. Nhận thông báo giải trình mà bỏ qua, hoặc phản hồi qua loa, gần như đồng nghĩa tự đẩy hồ sơ sang bước xử lý bất lợi tiếp theo. Doanh nghiệp gặp lý do bất khả kháng có thể gửi văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình theo Mẫu 05/QTKT-TC, và cơ quan thuế xem xét trên cơ sở thực tế.

4. Hai hướng xử lý nếu doanh nghiệp không giải trình được: ấn định thuế hoặc chuyển kiểm tra tại trụ sở

Điều 8 quy định rõ hệ quả khi doanh nghiệp đang hoạt động bình thường tại địa chỉ đăng ký nhưng hết hạn Thông báo lần 2 mà vẫn không giải trình, không khai bổ sung, hoặc có giải trình nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng. Cơ quan thuế lựa chọn một trong hai hướng xử lý:

• Ấn định thuế: Áp dụng khi công chức kiểm tra đã có đầy đủ căn cứ ấn định theo quy định của Luật Quản lý thuế. Đây là kết cục nặng nề, bởi số thuế bị ấn định thường bất lợi cho doanh nghiệp và khó khiếu nại nếu doanh nghiệp đã tự bỏ qua cơ hội giải trình trước đó.
• Chuyển kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế: Áp dụng khi chưa đủ căn cứ ấn định. Bộ phận kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế lập Phiếu chuyển giao thông tin theo Mẫu 04/QTKT-TC, nêu rõ nội dung đã kiểm tra và phần còn phải làm rõ, rồi chuyển sang bộ phận kiểm tra tại trụ sở để ban hành quyết định kiểm tra.

Ngoài ra, khi cơ quan thuế đã có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm và số tiền dự kiến truy thu ngay từ khâu rà soát và giải trình, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo Mẫu 04/KTT, thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc.

5. Tám nhóm trường hợp bị kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp

Điều 2 của quy trình liệt kê rành mạch các trường hợp cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Nắm được danh mục này, doanh nghiệp có thể tự soi mình đang đứng ở đâu trên bản đồ rủi ro:

• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, hoặc kiểm tra sau hoàn thuế theo nguyên tắc rủi ro trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
• Doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
• Doanh nghiệp được chọn theo kế hoạch, chuyên đề do cơ quan thuế cấp trên quyết định, hoặc chuyên đề phát sinh trong năm.
• Kiểm tra theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan và người có thẩm quyền.
• Doanh nghiệp có rủi ro cao thuộc các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh.
• Kiểm tra theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
• Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của doanh nghiệp có rủi ro cao.
• Trường hợp chuyển từ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế sang, theo điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025.

Ba nhóm đầu tiên chiếm phần lớn số cuộc kiểm tra trên thực tế. Doanh nghiệp có hoạt động hoàn thuế, doanh nghiệp báo lỗ kéo dài, hay doanh nghiệp đang làm thủ tục giải thể cần chuẩn bị hồ sơ kỹ lưỡng, bởi các nhóm này gần như nằm trong diện ưu tiên kiểm tra.

6. Bộ mốc thời gian cứng khi đoàn kiểm tra vào doanh nghiệp

Điều 16 và Điều 17 dựng nên một khung thời gian chặt chẽ mà cả cơ quan thuế lẫn doanh nghiệp phải tuân thủ. Đoàn kiểm tra bị ràng buộc bởi các mốc này, và doanh nghiệp hoàn toàn có quyền viện dẫn để bảo vệ mình:

• Gửi quyết định kiểm tra: Quyết định kiểm tra tại trụ sở phải được gửi cho doanh nghiệp chậm nhất 3 ngày làm việc kể từ ngày ban hành.
• Công bố quyết định: Cuộc kiểm tra phải tiến hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định, trừ trường hợp bãi bỏ hoặc hoãn.
• Thời hạn kiểm tra: Không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, được gia hạn một lần không quá 20 ngày. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết được kéo dài thời hạn kiểm tra lên 40 ngày, gia hạn một lần không quá 40 ngày. Trường hợp cần trao đổi thông tin cùng cơ quan thuế nước ngoài, thời hạn có thể kéo dài nhưng không quá 2 năm.
• Thời gian tạm dừng: Khi có lý do bất khả kháng, đoàn kiểm tra hoặc doanh nghiệp có thể đề nghị tạm dừng. Thời gian tạm dừng không tính vào thời hạn kiểm tra.

Doanh nghiệp không nhận quyết định kiểm tra hoặc cố tình trốn tránh sẽ bị lập biên bản vi phạm hành chính và xử phạt theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP). Tiếp tục không chấp hành có thể dẫn đến cưỡng chế thuế và ấn định thuế theo Điều 36, Điều 37 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

7. Quy định sáu giờ cung cấp hồ sơ và quyền cung cấp sổ điện tử

Đây là chi tiết ít được nhắc đến nhưng có sức nặng thực tế rất lớn, quy định tại Điều 17. Doanh nghiệp cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 6 giờ làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu của đoàn kiểm tra, hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác, sẽ bị lập biên bản vi phạm hành chính và xử phạt.

Con số 6 giờ làm việc buộc bộ phận kế toán phải sắp xếp hồ sơ, chứng từ theo trật tự sẵn sàng bàn giao ngay khi đoàn yêu cầu. Doanh nghiệp để chứng từ lộn xộn, thiếu bộ, hoặc chưa số hóa sẽ rất khó xoay xở kịp trong khung giờ này.

Ở chiều ngược lại, quy trình mở ra một quyền lợi đáng chú ý cho doanh nghiệp ứng dụng phần mềm kế toán. Doanh nghiệp thực hiện kế toán trên máy tính bằng phần mềm được cung cấp sổ kế toán lưu trữ dưới dạng dữ liệu điện tử đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng, có nội dung như bản đã in ra để lưu trữ, mà đoàn kiểm tra không yêu cầu in ra giấy. Quy định này tiết kiệm đáng kể chi phí và thời gian in ấn cho doanh nghiệp.

8. Siết mốc xử lý sau kiểm tra và nhật ký kiểm tra điện tử

Quy trình 1161 chuẩn hóa toàn bộ khâu xử lý kết quả sau kiểm tra, kèm các mốc thời gian rõ ràng theo Điều 17:
Biên bản kiểm tra: Lập theo Mẫu 14/KTT, tối thiểu 4 bản có giá trị pháp lý như nhau. Doanh nghiệp có quyền giải trình, và khâu giải trình cùng ký biên bản phải thực hiện trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra. Biên bản phải được trưởng đoàn và doanh nghiệp ký từng trang, đóng dấu giáp lai.

• Quyết định xử phạt: Ban hành trong 7 ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản nếu doanh nghiệp không yêu cầu giải trình; kéo dài đến 1 tháng nếu doanh nghiệp có giải trình hoặc cần xác minh; đến 2 tháng cho trường hợp đặc biệt nghiêm trọng, nhiều tình tiết phức tạp.
• Kết luận kiểm tra: Trường hợp không phải truy thu, không xử phạt, cơ quan thuế ký kết luận kiểm tra theo Mẫu 17/KTT trong thời hạn 7 ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản.
• Chuyển hồ sơ hình sự: Phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm, trưởng đoàn kiểm tra báo cáo để chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra trong 5 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện.

Điểm mới đáng lưu ý là toàn bộ trưởng đoàn và thành viên đoàn kiểm tra phải ghi nhật ký kiểm tra bằng hình thức điện tử. Quy định này tăng tính minh bạch, tạo dấu vết rõ ràng cho mỗi hành động của đoàn kiểm tra, và cũng là căn cứ để doanh nghiệp đối chiếu nếu phát sinh tranh chấp.

III. Doanh nghiệp cần làm gì để chủ động trước Quy trình kiểm tra thuế mới

Hiểu quy trình mới chỉ là bước đầu. Chuyển hiểu biết thành hành động phòng ngừa mới là thứ bảo vệ doanh nghiệp trên thực tế. Từ kinh nghiệm nhiều kỳ quyết toán, tôi khuyến nghị doanh nghiệp tập trung vào ba nhóm hành động sau:

• Rà soát tính nhất quán của số liệu định kỳ. Đối chiếu doanh thu, chi phí, thuế giá trị gia tăng giữa các tờ khai và báo cáo tài chính qua từng kỳ, xử lý dứt điểm chênh lệch trước khi nộp. Số liệu khớp nhau là tuyến phòng thủ đầu tiên hạ điểm rủi ro trên hệ thống chấm điểm của ngành thuế.
• Số hóa và sắp xếp chứng từ theo trật tự sẵn sàng bàn giao. Chuẩn hóa lưu trữ hóa đơn điện tử, chứng từ ngân hàng, hợp đồng theo bộ, theo kỳ, để đáp ứng khung 6 giờ cung cấp hồ sơ mà không rơi vào thế bị động.
• Phản ứng đúng cách khi nhận thông báo giải trình. Xử lý nghiêm túc Thông báo lần 1 và lần 2 trong khung 10 ngày làm việc, chuẩn bị hồ sơ chứng minh đầy đủ, đề nghị hoãn kịp thời khi có lý do chính đáng, và giữ quyền giải trình 5 ngày làm việc trước khi ký biên bản.

Doanh nghiệp muốn đào sâu kỹ năng ứng phó khi bị kiểm tra có thể tham khảo thêm hai chuyên đề của chúng tôi: hướng dẫn chi tiết về quyền lợi và mốc thời gian khi bị kiểm tra tại trụ sở, và cẩm nang nhận diện cùng cách hạ điểm rủi ro cho doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao.

Chủ động hơn khi doanh nghiệp bước vào kỳ kiểm tra thuế

Nắm quy định mới chỉ là bước đầu. Kế toán còn cần biết cách rà soát hồ sơ, phát hiện rủi ro, chuẩn bị số liệu và giải trình với cơ quan thuế khi phát sinh tình huống thực tế.

Đây cũng là những nội dung được Kế toán Lê Ánh đưa vào chương trình Kế toán thuế chuyên sâu, với trọng tâm là thực hành trên chứng từ, xử lý các tình huống GTGT, TNDN, TNCN, rà soát hồ sơ trước quyết toán và kỹ năng giải trình số liệu. Qua đó, người làm kế toán có thêm nền tảng để chủ động xử lý nghiệp vụ và chuẩn bị tốt hơn cho các kỳ kiểm tra thuế.