Chứng Từ Điện Tử Theo Nghị Định 254/2026/NĐ-CP: Thời Điểm Lập, Phương Thức Và Kết Nối Dữ Liệu

Chứng từ điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP gồm chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và biên lai thu thuế, phí, lệ phí. Nghị định áp dụng từ ngày 01/7/2026, dành riêng Chương III quy định về chứng từ điện tử, từ thời điểm lập, phương thức lập đến kết nối và chuyển dữ liệu với cơ quan thuế.

Bài viết dưới đây, Kế toán Lê Ánh sẽ làm rõ các quy định quan trọng kế toán, tổ chức khấu trừ thuế và đơn vị thu phí, lệ phí cần nắm để lập, sử dụng và quản lý chứng từ điện tử đúng quy định.

1. Chứng từ điện tử theo Nghị định 254/2026 gồm những loại nào?

Điều 22 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định chứng từ trong lĩnh vực quản lý thuế, phí, lệ phí gồm hai loại: chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và biên lai thu thuế, phí, lệ phí. Trường hợp phát sinh yêu cầu loại chứng từ khác, Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện.

Kế toán cần tách bạch chứng từ điện tử và hóa đơn điện tử ngay từ đầu. Hóa đơn điện tử gắn hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Chứng từ điện tử gắn nghiệp vụ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và thu các khoản thuế, phí, lệ phí. Hai nhóm chứng từ điện tử theo Điều 22:

• Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, do tổ chức, cá nhân trả thu nhập lập cho người bị khấu trừ thuế. Ký hiệu mẫu chứng từ khấu trừ là 03/TNCN theo Điều 18 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
• Biên lai thu thuế, phí, lệ phí, do tổ chức thu lập cho người nộp. Ký hiệu mẫu biên lai điện tử là EBL01 cho biên lai không có mệnh giá và EBL02 cho biên lai có mệnh giá.

Ví dụ, một công ty trả lương cho nhân viên và khấu trừ thuế thu nhập cá nhân thì lập chứng từ khấu trừ thuế. Một trường học thu học phí thuộc danh mục phí, lệ phí thì lập biên lai điện tử.

2. Nội dung bắt buộc trên chứng từ điện tử

Điều 23 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định nội dung bắt buộc riêng cho từng loại chứng từ điện tử. Chứng từ điện tử phải dùng chữ ký số thay cho chữ ký tay, đây là điểm kế toán cần lưu ý khi chuyển từ chứng từ giấy sang điện tử.

Nội dung bắt buộc của chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân:

• Tên chứng từ, ký hiệu mẫu, ký hiệu và số thứ tự chứng từ khấu trừ thuế.
• Tên, địa chỉ, mã số thuế của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập.
• Tên, địa chỉ, số điện thoại, mã số thuế của cá nhân nhận thu nhập nếu đã có mã số thuế, hoặc số định danh cá nhân; quốc tịch nếu người nộp thuế không mang quốc tịch Việt Nam.
• Khoản thu nhập, thời điểm trả thu nhập, tổng thu nhập chịu thuế, khoản đóng bảo hiểm bắt buộc, khoản từ thiện, nhân đạo, khuyến học và số thuế đã khấu trừ.
• Ngày, tháng, năm lập chứng từ; họ tên và chữ ký số của người trả thu nhập.

Nội dung bắt buộc của biên lai:

• Tên biên lai; ký hiệu mẫu và ký hiệu biên lai theo quy định của Bộ Tài chính.
• Số biên lai ghi bằng chữ số Ả-rập tối đa 8 chữ số, biên lai điện tử bắt đầu từ số 1 vào ngày 01/01 hoặc ngày bắt đầu sử dụng và kết thúc vào ngày 31/12 hằng năm.
• Tên, mã số thuế của tổ chức thu; tên loại các khoản thu và số tiền thể hiện bằng số và bằng chữ.
• Ngày, tháng, năm lập biên lai; chữ ký số của tổ chức thu.
• Biên lai thể hiện bằng tiếng Việt, chữ số là chữ số tự nhiên, đồng tiền là đồng Việt Nam; khoản phí, lệ phí thu bằng ngoại tệ theo quy định thì quy đổi theo tỷ giá tại Nghị định 362/2025/NĐ-CP.

Tổ chức thu được tạo thêm logo, hình ảnh trang trí phù hợp quy định, cỡ chữ không lớn hơn nội dung bắt buộc và không che khuất nội dung bắt buộc trên biên lai.

3. Thời điểm lập chứng từ điện tử và thời điểm ký số

Khoản 1 Điều 24 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định tổ chức khấu trừ thuế, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí phải lập chứng từ, biên lai tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân hoặc thời điểm thu thuế, phí, lệ phí, giao cho người nộp. Đây là mốc gắn chứng từ liền nghiệp vụ phát sinh.

Thời điểm ký số là một tiêu thức riêng. Khoản 5 Điều 24 quy định thời điểm ký số là thời điểm đơn vị khấu trừ thuế, đơn vị thu thuế, phí, lệ phí dùng chữ ký số để ký trên chứng từ điện tử, hiển thị theo ngày, tháng, năm dương lịch. Chứng từ điện tử phản ánh chính xác hai mốc thời gian trên nghiệp vụ khấu trừ hoặc thu tiền.

Ví dụ, công ty chi trả lương và khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của nhân viên ngày 05, kế toán lập chứng từ khấu trừ thuế trong ngày 05 và ký số ngay trên chứng từ điện tử để giao cho nhân viên.

4. Các trường hợp không phải lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân

Khoản 2, khoản 3 và khoản 4 Điều 24 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định các trường hợp không phải lập chứng từ khấu trừ và quy tắc lập theo loại hợp đồng lao động. Nắm rõ nhóm quy định này là cách kế toán tránh lập thừa hoặc thiếu chứng từ cho người lao động.

Các trường hợp cần lưu ý:

• Cá nhân ủy quyền quyết toán thuế. Tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân không phải lập chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân đã ủy quyền quyết toán (khoản 2).
• Cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký dưới 3 tháng. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập lập chứng từ khấu trừ thuế cho mỗi lần khấu trừ, hoặc lập một chứng từ cho nhiều lần khấu trừ trong một năm tính thuế khi cá nhân yêu cầu (khoản 3).
• Cá nhân ký hợp đồng lao động từ 3 tháng trở lên. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ lập một chứng từ khấu trừ thuế trong một năm tính thuế (khoản 3).
• Thu nhập của nhà đầu tư cá nhân đã khấu trừ tại nguồn. Thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán, đầu tư vốn, chuyển nhượng tài sản mã hóa, chuyển nhượng vàng miếng, bản quyền, nhượng quyền thương mại, trúng thưởng, thừa kế, quà tặng đã được tổ chức chi trả hoặc tổ chức khấu trừ thực hiện khấu trừ, nộp thuế tại nguồn thì không phải lập chứng từ khấu trừ (khoản 4).

Ví dụ, nhân viên ký hợp đồng lao động 12 tháng thì cả năm công ty chỉ lập một chứng từ khấu trừ thuế cho nhân viên đó. Một cộng tác viên ký hợp đồng 2 tháng thì mỗi lần khấu trừ lập một chứng từ, hoặc gộp thành một chứng từ khi cộng tác viên yêu cầu.

5.Phương thức lập chứng từ điện tử và giá trị pháp lý

Điều 26 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định ba phương thức lập chứng từ điện tử và gắn giá trị pháp lý của chứng từ vào tính tuân thủ nội dung Điều 23. Chọn đúng phương thức và lập đủ nội dung là hai yêu cầu quyết định chứng từ có giá trị hay không.

Ba phương thức lập chứng từ điện tử:

• Lập trực tiếp trên Hệ thống thông tin quản lý thuế. Đơn vị đăng nhập hệ thống của cơ quan thuế để lập chứng từ.
• Lập qua tổ chức cung cấp dịch vụ. Đơn vị sử dụng dịch vụ của tổ chức cung cấp giải pháp chứng từ điện tử.
• Lập trên phần mềm chứng từ điện tử của đơn vị. Đơn vị dùng phần mềm riêng đáp ứng định dạng chuẩn dữ liệu.

Về giá trị pháp lý, chứng từ lập đúng nội dung Điều 23 là chứng từ hợp pháp để thanh toán, hạch toán và quyết toán tài chính. Chứng từ lập không đúng nội dung Điều 23 thì không có giá trị thanh toán và không được hạch toán, quyết toán. Ví dụ, một chứng từ khấu trừ thuế thiếu số thuế đã khấu trừ thì người lao động không dùng được để quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

6. Đăng ký sử dụng chứng từ điện tử trước khi lập

Khoản 3 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Điều 17 Thông tư 91/2026/TT-BTC yêu cầu tổ chức khấu trừ thuế, tổ chức thu phí, lệ phí phải đăng ký sử dụng chứng từ điện tử trước khi lập. Bỏ qua bước đăng ký khiến đơn vị chưa đủ điều kiện phát hành chứng từ hợp lệ.

Trình tự đăng ký gồm các bước sau:

• Nộp tờ khai đăng ký. Đơn vị đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế, Trang thông tin điện tử của Cục Hải quan hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử, theo Mẫu 01/ĐKTĐ-CTĐT tại Phụ lục III. Khoản thu thuế, phí, lệ phí hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký qua Trang thông tin điện tử của Cục Hải quan.
• Nhận thông báo tiếp nhận. Hệ thống gửi thông báo tiếp nhận đăng ký theo Mẫu 01/TB-TNĐT tại Phụ lục IV.
• Nhận kết quả chấp nhận. Cơ quan quản lý thuế gửi thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận trong 1 ngày làm việc kể từ ngày nhận đăng ký, theo Mẫu 01/TB-ĐKĐT tại Phụ lục IV.

Trường hợp thay đổi thông tin đã đăng ký, đơn vị gửi lại Mẫu 01/ĐKTĐ-CTĐT và cơ quan thuế xử lý theo trình tự tương tự.

7. Ủy nhiệm lập biên lai thu phí, lệ phí

Điều 25 Nghị định 254/2026/NĐ-CP cho phép tổ chức thu phí, lệ phí ủy nhiệm cho bên thứ ba lập biên lai, kèm các yêu cầu về văn bản, thông báo và niêm yết. Tuân thủ đúng trình tự ủy nhiệm là cách tránh biên lai ủy nhiệm bị coi là không hợp lệ.

Các yêu cầu chính của ủy nhiệm lập biên lai:

• Lập văn bản ủy nhiệm và thông báo cơ quan thuế. Ủy nhiệm giữa hai bên phải bằng văn bản, đồng thời gửi thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của bên ủy nhiệm và bên nhận ủy nhiệm chậm nhất 3 ngày trước khi bên nhận ủy nhiệm lập biên lai.
• Ghi đủ nội dung văn bản ủy nhiệm. Văn bản ghi rõ hình thức, loại, ký hiệu, số lượng biên lai, mục đích, thời hạn và phương thức ủy nhiệm.
• Niêm yết thông tin ủy nhiệm. Hai bên niêm yết đầy đủ thông tin biên lai ủy nhiệm, mục đích và thời hạn ủy nhiệm tại nơi thu.
• Thể hiện đúng thông tin trên biên lai ủy nhiệm. Biên lai ủy nhiệm ghi tên tổ chức thu phí, lệ phí là bên ủy nhiệm, ghi tên và địa chỉ bên nhận ủy nhiệm, không bắt buộc chữ ký số của bên ủy nhiệm.
• Chuyển dữ liệu biên lai. Bên nhận ủy nhiệm lập biên lai theo đúng thực tế phát sinh và chuyển dữ liệu biên lai điện tử đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc qua tổ chức cung cấp dịch vụ.

Ví dụ, một tổ chức thu phí ủy nhiệm cho một đơn vị trung gian lập biên lai thì biên lai vẫn ghi tên tổ chức thu phí là bên ủy nhiệm, đơn vị trung gian chịu trách nhiệm chuyển dữ liệu đến cơ quan thuế.

8. Kết nối và thời hạn truyền dữ liệu chứng từ điện tử đến cơ quan thuế

Điều 27 và khoản 3 Điều 29 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định trách nhiệm kết nối, truyền dữ liệu và thời hạn chuyển dữ liệu chứng từ điện tử đến cơ quan thuế. Đây là nội dung trọng tâm quyết định dữ liệu chứng từ có đến cơ quan thuế đúng hạn hay không.

Về kết nối và truyền dữ liệu:

• Đối tượng kết nối. Tổ chức thu thuế, phí, lệ phí, tổ chức khấu trừ thuế, tổ chức nhận ủy nhiệm lập biên lai và tổ chức cung cấp dịch vụ chứng từ điện tử thực hiện kết nối, truyền và tiếp nhận dữ liệu qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc hệ thống trung gian (khoản 1 Điều 27).
• Yêu cầu kỹ thuật. Kết nối, truyền và tiếp nhận dữ liệu phải bảo đảm an toàn thông tin và bảo mật dữ liệu; toàn vẹn, đầy đủ, chính xác trong quá trình truyền, nhận và lưu trữ; truy xuất, đối chiếu được khi cơ quan thuế yêu cầu (khoản 2 Điều 27).
• Xử lý sự cố kỹ thuật. Hệ thống gặp sự cố dẫn tới không kết nối, truyền dữ liệu đúng hạn thì đơn vị thông báo kịp thời cho cơ quan thuế và truyền dữ liệu trong 3 ngày làm việc sau khi khắc phục sự cố (khoản 3 Điều 27).

Về thời hạn chuyển dữ liệu (khoản 3 Điều 29):

• Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử. Đơn vị lập xong gửi cho người bị khấu trừ, đồng thời gửi cơ quan thuế ngay trong ngày lập chứng từ, theo định dạng chuẩn dữ liệu qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử hoặc qua Hệ thống thông tin quản lý thuế.
• Biên lai điện tử. Tổ chức thu và tổ chức nhận ủy nhiệm lập xong gửi cho người nộp, gửi cơ quan thuế theo bảng tổng hợp dữ liệu biên lai điện tử trong ngày lập, trừ phí hải quan và lệ phí hàng hóa, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh.

Ví dụ, đơn vị lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân ngày 10 thì chuyển dữ liệu đến cơ quan thuế trong ngày 10. Nếu hệ thống gặp sự cố vào chiều thứ Sáu, đơn vị thông báo cơ quan thuế và truyền dữ liệu trong 3 ngày làm việc kể từ khi sự cố được khắc phục.

9. Chứng từ điện tử miễn phí dịch vụ và tích hợp biên lai, hóa đơn

Điều 28 và khoản 7 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định các trường hợp dùng chứng từ điện tử miễn phí dịch vụ và cách tích hợp biên lai cùng hóa đơn. Nắm rõ hai nội dung này giảm chi phí và thao tác cho đơn vị quy mô nhỏ.

Về miễn phí dịch vụ (Điều 28), các đối tượng sau dùng chứng từ điện tử miễn phí qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử được Cục Thuế ủy thác:

• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh sử dụng dưới 10 lao động và không thuộc trường hợp dùng hóa đơn điện tử; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thuộc trường hợp dùng hóa đơn điện tử được miễn phí dịch vụ theo Điều 11 Nghị định này.
• Tổ chức, cá nhân trả thu nhập không thuộc đối tượng áp dụng hóa đơn điện tử; tổ chức, cá nhân trả thu nhập dùng hóa đơn điện tử được miễn phí dịch vụ theo Điều 11 thì được dùng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử miễn phí.

Về tích hợp biên lai và hóa đơn (khoản 7 Điều 4), tổ chức thu thuế, phí, lệ phí và người cung cấp dịch vụ cùng thu tiền của một khách hàng thì được tích hợp biên lai thu thuế, phí, lệ phí và hóa đơn trên cùng một định dạng điện tử. Hóa đơn điện tử tích hợp phải có đủ nội dung của hóa đơn điện tử và biên lai điện tử. Ví dụ, một quầy vừa thu phí vừa bán dịch vụ cho cùng một khách hàng thì tích hợp biên lai và hóa đơn trên một chứng từ điện tử, sau khi hai bên thỏa thuận đơn vị chịu trách nhiệm lập.

Chứng từ điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP gồm chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và biên lai thu thuế, phí, lệ phí. Đơn vị lập chứng từ đúng nội dung Điều 23, đúng thời điểm Điều 24, chọn đúng phương thức Điều 26 và chuyển dữ liệu đúng hạn theo Điều 27, Điều 29 thì chứng từ mới có giá trị thanh toán, hạch toán, quyết toán. Đăng ký sử dụng trước khi lập và theo dõi sát thời hạn chuyển dữ liệu ngay trong ngày lập là hai yêu cầu kế toán cần thực hiện thường xuyên.