Thuế GTGT Đối Với Sản Phẩm Nông Nghiệp: Trường Hợp Không Chịu Thuế Và Áp Dụng 5%

Thuế GTGT đối với sản phẩm nông nghiệp có thể thuộc ba trường hợp: không chịu thuế, không phải kê khai, tính nộp thuế hoặc áp dụng thuế suất 5%, tùy theo loại sản phẩm, mức độ chế biến, chủ thể bán hàng và khâu kinh doanh. Tuy nhiên, khi doanh nghiệp thu mua, nhập khẩu hoặc kinh doanh thương mại nông sản, chính sách thuế có thể thay đổi theo từng giao dịch.

Bài viết dưới đây sẽ làm rõ trường hợp nông sản không chịu thuế GTGT, khi nào áp dụng thuế suất 5%, đồng thời hướng dẫn xác định thuế, lập hóa đơn và khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định mới nhất.

I. Sản Phẩm Nông Nghiệp Thuộc Đối Tượng Điều Chỉnh Của Thuế GTGT Gồm Những Gì?

1. Sản phẩm nông nghiệp được hiểu như thế nào theo quy định thuế GTGT?

Theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, các nhóm sản phẩm nông nghiệp được xem xét áp dụng chính sách thuế GTGT đặc thù gồm:

• Sản phẩm cây trồng: Lúa, gạo, ngô, rau củ, trái cây, cà phê, hồ tiêu…
• Sản phẩm rừng trồng: Gỗ rừng trồng và các sản phẩm từ rừng trồng theo quy định.
• Sản phẩm chăn nuôi: Gia súc, gia cầm, thịt, trứng, sữa tươi…
• Sản phẩm thủy sản nuôi trồng: Cá, tôm, cua và các loại thủy sản được nuôi.
• Sản phẩm thủy sản đánh bắt: Cá biển, mực, tôm và các loại hải sản khai thác tự nhiên.

Lưu ý: Không phải mọi hàng hóa có nguồn gốc nông nghiệp đều thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Chính sách thuế còn phụ thuộc vào mức độ chế biến, chủ thể bán hàng và khâu kinh doanh.

2. Thế nào là sản phẩm chưa chế biến thành sản phẩm khác?

Sản phẩm nông nghiệp chưa chế biến thành sản phẩm khác là sản phẩm sau thu hoạch, chăn nuôi hoặc đánh bắt vẫn giữ bản chất cơ bản của sản phẩm ban đầu, chưa trải qua quá trình chế biến tạo thành hàng hóa mới.

Ví dụ: Lúa mới thu hoạch, rau củ tươi, cà phê nhân, cá tươi hoặc thịt gia súc sau giết mổ.
Sản phẩm có thể đã qua sơ chế thông thường mà vẫn được xem xét áp dụng chính sách thuế dành cho nông sản chưa chế biến.

3. Những công đoạn nào được coi là sơ chế thông thường?

Theo quy định hướng dẫn Luật Thuế GTGT, các hoạt động sơ chế thông thường có thể gồm:

• Làm sạch: Rửa, loại bỏ tạp chất, phân loại sản phẩm.
• Phơi, sấy khô: Giảm độ ẩm để bảo quản nông sản.
• Bóc vỏ, xay xát: Tách vỏ, xay xát lúa thành gạo.
• Cắt, tách, đóng gói: Phục vụ bảo quản và tiêu thụ sản phẩm.
• Bảo quản: Ướp lạnh, đông lạnh hoặc sử dụng phương pháp bảo quản thông thường.

Lưu ý: Cần căn cứ vào quy trình xử lý thực tế và tính chất sản phẩm sau xử lý. Không phải mọi hoạt động sấy, xay, nghiền hoặc đóng gói đều mặc nhiên được xác định là sơ chế thông thường.

II. Trường Hợp Nào Sản Phẩm Nông Nghiệp Không Chịu Thuế GTGT?

Căn cứ khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (đã được sửa đổi, bổ sung), sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng và đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT trong các trường hợp sau:

1. Sản phẩm nông nghiệp do tổ chức, cá nhân trực tiếp sản xuất bán ra

Sản phẩm do doanh nghiệp, hợp tác xã, hộ gia đình hoặc cá nhân trực tiếp trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, đánh bắt và bán ra thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nếu chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Ví dụ: Hộ nông dân tự trồng rau, thu hoạch và bán cho doanh nghiệp thu mua thì số rau bán ra thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

2. Sản phẩm nông nghiệp ở khâu nhập khẩu

Sản phẩm nông nghiệp nhập khẩu chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, nếu đáp ứng điều kiện pháp luật.

Lưu ý: Khi doanh nghiệp nhập khẩu bán lại nông sản tại Việt Nam, chính sách thuế GTGT được xác định theo giao dịch bán ra, không mặc nhiên tiếp tục thuộc đối tượng không chịu thuế.

3. Trường hợp nào không được xác định là nông sản không chịu thuế?

Một số trường hợp không mặc nhiên thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT gồm:

• Doanh nghiệp thương mại mua nông sản bán lại: Có thể thuộc diện không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT hoặc áp dụng thuế suất 5%, tùy đối tượng mua và điều kiện giao dịch.
• Nông sản đã chế biến thành sản phẩm khác: Phải xác định thuế GTGT theo loại hàng hóa sau chế biến.
• Sản phẩm không đáp ứng điều kiện tại khoản 1 Điều 5: Áp dụng chính sách thuế theo quy định tương ứng.

III. Khi Nào Mua Bán Nông Sản Không Phải Kê Khai, Tính Nộp Thuế GTGT?

Căn cứ Luật số 149/2025/QH15 và Nghị định 359/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã áp dụng phương pháp khấu trừ khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

1. Điều kiện áp dụng đối với giao dịch mua bán giữa doanh nghiệp và hợp tác xã

Giao dịch được áp dụng chính sách không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT khi đáp ứng các điều kiện:

• Hàng hóa là nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.
• Bên bán là doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc liên hiệp hợp tác xã áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Bên mua là doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc liên hiệp hợp tác xã.
• Bên bán không tính thuế GTGT đầu ra nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng điều kiện theo quy định.

2. Doanh nghiệp mua nông sản của nông dân rồi bán cho doanh nghiệp khác

Doanh nghiệp thu mua nông sản từ nông dân, sau đó bán lại cho doanh nghiệp khác, thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện nêu trên.

3. Doanh nghiệp mua nông sản bán cho hộ kinh doanh hoặc cá nhân

Trường hợp doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ bán nông sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường cho hộ kinh doanh, cá nhân thì áp dụng thuế suất GTGT 5%, nếu hàng hóa thuộc nhóm quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế GTGT.

4. Hợp tác xã mua nông sản rồi bán cho hợp tác xã khác

Hợp tác xã thu mua nông sản từ thành viên hoặc người sản xuất, sau đó bán cho hợp tác xã khác, không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nếu hàng hóa và các bên tham gia đáp ứng điều kiện pháp luật.

Cần phân biệt giao dịch thu mua để bán lại với trường hợp hợp tác xã trực tiếp sản xuất và bán sản phẩm của chính mình, vốn có thể thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

5. Không chịu thuế và không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT khác nhau thế nào?

Hai trường hợp đều không phát sinh thuế GTGT đầu ra nhưng khác nhau về điều kiện áp dụng và quyền khấu trừ thuế đầu vào.

Lưu ý về phân bổ thuế GTGT đầu vào: Theo khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 144/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp có hoạt động chịu thuế và không chịu thuế phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào. Nếu không hạch toán riêng được thì phân bổ theo tỷ lệ doanh thu quy định. Doanh thu nông sản thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo khoản 1 Điều 5 vẫn được tính vào doanh thu chịu thuế khi xác định tỷ lệ phân bổ.

IV. Sản Phẩm Nông Nghiệp Nào Áp Dụng Thuế Suất GTGT 5%?

Theo điểm d khoản 2 Điều 9 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường thuộc diện áp dụng thuế suất GTGT 5%, trừ các trường hợp không chịu thuế hoặc không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo quy định.

1. Điều kiện áp dụng thuế suất GTGT 5% đối với nông sản

Sản phẩm nông nghiệp được áp dụng thuế suất GTGT 5% khi đáp ứng các điều kiện sau:

• Loại sản phẩm: Thuộc nhóm sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản theo quy định pháp luật.
• Mức độ chế biến: Chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường như làm sạch, phơi khô, bóc vỏ, xay xát, bảo quản lạnh.
• Khâu kinh doanh: Giao dịch bán hàng thuộc diện chịu thuế GTGT, không thuộc trường hợp không chịu thuế hoặc không phải kê khai, tính nộp thuế.

Lưu ý: Một số sản phẩm có nguồn gốc nông nghiệp nhưng đã chế biến thành hàng hóa khác phải xác định thuế suất theo loại sản phẩm sau chế biến, không mặc nhiên áp dụng mức 5%.2. Doanh nghiệp kinh doanh thương mại bán nông sản cho hộ kinh doanh, cá nhân

Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ, mua nông sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường để bán lại cho hộ kinh doanh, cá nhân thì áp dụng thuế suất GTGT 5% nếu sản phẩm thuộc nhóm hàng hóa quy định tại khoản 2 Điều 9.

Ví dụ: Công ty A mua rau củ từ nông dân, sau đó bán cho hộ kinh doanh B với giá chưa thuế 100 triệu đồng. Thuế GTGT đầu ra được xác định:

100.000.000 × 5% = 5.000.000 đồng.

Ngược lại, nếu Công ty A bán số rau củ này cho doanh nghiệp hoặc hợp tác xã đáp ứng điều kiện theo Luật số 149/2025/QH15 và Nghị định 359/2025/NĐ-CP, giao dịch thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

2. Doanh nghiệp nhập khẩu nông sản rồi bán lại tại thị trường Việt Nam

Theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT 2024, sản phẩm nông nghiệp nhập khẩu chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu nếu đáp ứng điều kiện pháp luật.

Tuy nhiên, khi doanh nghiệp nhập khẩu bán lại nông sản tại Việt Nam, chính sách thuế GTGT được xác định theo từng  giao dịch:

• Bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc liên hiệp hợp tác xã: Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nếu đáp ứng điều kiện theo quy định hiện hành.
• Bán cho hộ kinh doanh, cá nhân: Áp dụng thuế suất GTGT 5% nếu sản phẩm thuộc diện chịu thuế 5% và doanh nghiệp tính thuế theo phương pháp khấu trừ.

Ví dụ: Công ty A nhập khẩu thịt bò đông lạnh chưa qua chế biến, thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Khi bán cho hộ kinh doanh thực phẩm, Công ty A áp dụng thuế suất GTGT 5%. Nếu bán cho doanh nghiệp đáp ứng điều kiện, giao dịch không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Lưu ý: Khi xác định thuế GTGT đối với sản phẩm gỗ, măng và nông sản chế biến, kế toán cần đối chiếu quy định tại Điều 5, Điều 9 Luật Thuế GTGT 2024 cùng các văn bản sửa đổi, hướng dẫn hiện hành; đồng thời kiểm tra chính sách giảm thuế GTGT nếu sản phẩm thuộc diện được giảm tại thời điểm bán hàng.

V. Hướng Dẫn Xác Định Thuế GTGT Đối Với Hộ Kinh Doanh Nông Sản

Chính sách thuế GTGT đối với hộ kinh doanh nông sản phụ thuộc vào nguồn gốc hàng hóa, hoạt động sản xuất hay thương mại và phương pháp tính thuế áp dụng.

1. Hộ trực tiếp trồng trọt, chăn nuôi bán sản phẩm có phải nộp thuế GTGT không?

Theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (đã được sửa đổi, bổ sung), hộ gia đình, cá nhân trực tiếp trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng hoặc đánh bắt thủy sản bán sản phẩm do mình sản xuất không phải nộp thuế GTGT nếu sản phẩm chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Ví dụ: Hộ nông dân tự trồng rau, thu hoạch và bán cho thương lái hoặc doanh nghiệp thu mua thì doanh thu từ rau tự trồng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

2. Hộ kinh doanh thu mua nông sản của nông dân rồi bán lại

Khác với hộ trực tiếp sản xuất, hộ kinh doanh mua nông sản từ người khác để bán lại được xác định là hoạt động kinh doanh thương mại.

Đối với hoạt động phân phối, cung cấp hàng hóa thuộc diện chịu thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, tỷ lệ tính thuế GTGT trên doanh thu là 1% theo quy định tại Điều 12 Luật Thuế GTGT 2024.

Tuy nhiên, hộ kinh doanh cần xem xét ngưỡng doanh thu chịu thuế, chính sách thuế áp dụng năm 2026 và các trường hợp được miễn thuế theo quy định hiện hành.

Ví dụ: Hộ kinh doanh thu mua rau củ từ nông dân rồi bán lại, nếu thuộc diện phải nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, thuế GTGT được xác định bằng doanh thu tính thuế nhân tỷ lệ 1%.

VI. Hóa Đơn, Chứng Từ Và Khấu Trừ Thuế GTGT Khi Mua Bán Nông Sản

Khi mua bán nông sản, doanh nghiệp cần xác định đúng đối tượng chịu thuế GTGT, đồng thời chuẩn bị đầy đủ hóa đơn, chứng từ để phục vụ kê khai thuế và hạch toán chi phí.

1. Mua nông sản trực tiếp từ người sản xuất cần chuẩn bị chứng từ gì?

Khi mua nông sản trực tiếp từ hộ gia đình, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra, doanh nghiệp cần chuẩn bị:

• Bảng kê thu mua hàng hóa: Lập theo mẫu 01/TNDN khi thuộc trường hợp được phép mua hàng không có hóa đơn.
• Chứng từ thanh toán: Phiếu chi, chứng từ chuyển khoản hoặc tài liệu chứng minh khoản thanh toán thực tế.
• Chứng từ giao nhận: Phiếu nhập kho, biên bản giao nhận, phiếu cân hàng (nếu có).
• Hồ sơ liên quan: Hợp đồng mua bán, thông tin người bán và tài liệu chứng minh nguồn gốc hàng hóa khi cần thiết.

Lưu ý: Bảng kê thu mua không phải hóa đơn GTGT và không làm phát sinh quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Doanh nghiệp cần đối chiếu điều kiện chứng từ, thanh toán theo quy định thuế hiện hành.

2. Bán nông sản không chịu thuế GTGT lập hóa đơn như thế nào?

Khi doanh nghiệp bán sản phẩm nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT 2024, doanh nghiệp vẫn phải lập hóa đơn theo quy định.

Trên hóa đơn điện tử:

• Ghi đầy đủ tên hàng hóa, số lượng, đơn giá và thành tiền.
• Thể hiện hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT (KCT).
• Không tính tiền thuế GTGT đầu ra.

3. Bán nông sản thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế ghi hóa đơn ra sao?

Theo Luật số 149/2025/QH15 và Nghị định 359/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp, hợp tác xã áp dụng phương pháp khấu trừ bán nông sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác, nếu đáp ứng điều kiện, thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Khi lập hóa đơn:

• Ghi đầy đủ thông tin hàng hóa, số lượng, đơn giá và thành tiền.
• Không tính thuế GTGT đầu ra.
• Thể hiện giao dịch thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo quy định về hóa đơn điện tử; không nhầm với hàng hóa không chịu thuế GTGT.

Lưu ý: Hai trường hợp không chịu thuế và không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT có cách xác định quyền khấu trừ thuế đầu vào khác nhau. Doanh nghiệp cần phân loại chính xác để lập hóa đơn và kê khai thuế đúng quy định.

Thuế GTGT đối với sản phẩm nông nghiệp cần được xác định dựa trên nguồn gốc hàng hóa, mức độ chế biến, chủ thể bán hàng và từng khâu kinh doanh. Phân biệt chính xác trường hợp không chịu thuế, không phải kê khai, tính nộp thuế và áp dụng thuế suất 5% sẽ giúp doanh nghiệp, hộ kinh doanh thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, hạn chế sai sót khi lập hóa đơn, kê khai và khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Đối với kế toán doanh nghiệp, nắm vững quy định pháp luật cần đi đôi với khả năng xử lý chứng từ và các tình huống phát sinh thực tế. Nếu muốn nâng cao kỹ năng kê khai, hạch toán và quyết toán thuế, bạn có thể tham khảo Khóa học Kế toán Thuế tại Kế toán Lê Ánh, tập trung hướng dẫn nghiệp vụ thuế gắn với chứng từ và tình huống thực tế tại doanh nghiệp.