Hóa Đơn Của Doanh Nghiệp Bỏ Trốn Có Được Khấu Trừ Thuế GTGT Không?

Hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn có được khấu trừ thuế GTGT không? Khi phát hiện nhà cung cấp đã bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc bị cơ quan thuế xác định không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, nhiều kế toán băn khoăn liệu hóa đơn đã nhận, đã thanh toán hoặc đã kê khai có còn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào hay không. Vấn đề cần được xem xét dựa trên thời điểm phát sinh giao dịch, tính hợp pháp của hóa đơn, hồ sơ chứng minh việc mua bán hàng hóa, dịch vụ và điều kiện khấu trừ thuế.

Bài viết dưới đây của Kế toán Lê Ánh phân tích căn cứ và các quy định liên quan, đồng thời hướng dẫn cách kiểm tra, xử lý hóa đơn có rủi ro trong thực tế.

I. Doanh Nghiệp Bỏ Trốn Là Gì? Cách Định Tình Trạng Hoạt Động Của Bên Bán

Doanh nghiệp bỏ trốn là cách gọi phổ biến đối với doanh nghiệp không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký và không liên hệ được. Tuy nhiên, trong quản lý thuế, cần phân biệt cách gọi này với trạng thái chính thức “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký” do cơ quan thuế xác định.

Hai khái niệm có liên quan nhưng không hoàn toàn đồng nhất. “Doanh nghiệp bỏ trốn” là cách gọi thông dụng, còn “không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký” là trạng thái quản lý thuế được xác định theo quy định pháp luật.

Doanh nghiệp bị xác định không hoạt động tại địa chỉ đăng ký không đồng nghĩa với việc tất cả giao dịch trước đó đều giả tạo hoặc mọi hóa đơn đã phát hành đều không hợp pháp.

1. Các trạng thái hoạt động của doanh nghiệp

• Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký: Cơ quan thuế xác định người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký theo quy định.
• Tạm ngừng kinh doanh: Doanh nghiệp tạm dừng hoạt động trong thời gian nhất định theo thủ tục pháp luật.
• Ngừng sử dụng hóa đơn điện tử: Doanh nghiệp thuộc trường hợp phải ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.
• Chấm dứt hiệu lực mã số thuế: Mã số thuế không còn hiệu lực theo quyết định hoặc thủ tục quản lý thuế tương ứng.

Các trạng thái trên có bản chất và hậu quả pháp lý khác nhau, không được sử dụng thay thế cho nhau khi đánh giá hóa đơn đầu vào.

2. Cách tra cứu tình trạng hoạt động của doanh nghiệp bán hàng

Kế toán có thể kiểm tra thông tin nhà cung cấp thông qua:

• Cổng thông tin điện tử của Cục Thuế: https://www.gdt.gov.vn/ để tra cứu mã số thuế và tình trạng người nộp thuế.
• Hệ thống hóa đơn điện tử: https://hoadondientu.gdt.gov.vn/ để tra cứu thông tin hóa đơn.
• Thông báo của cơ quan thuế: Kiểm tra thông báo về tình trạng không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và các thông tin liên quan đến hóa đơn.

3. Vì sao không thể chỉ dựa vào trạng thái bên bán để kết luận hóa đơn hợp pháp?

Tình trạng hoạt động của doanh nghiệp bán hàng là dấu hiệu quan trọng để nhận diện rủi ro, nhưng chưa đủ để kết luận tính hợp pháp của từng hóa đơn.

Theo Điều 13 và khoản 3 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, cần xem xét hóa đơn có phát sinh từ hành vi bị nghiêm cấm hay không. Đồng thời, bên mua phải đáp ứng các điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định.

II. Hóa Đơn Của Doanh Nghiệp Bỏ Trốn Có Được Khấu Trừ Thuế GTGT Không?

Hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn không mặc nhiên được khấu trừ hoặc bị loại toàn bộ thuế GTGT đầu vào. Quyền khấu trừ phải được xác định dựa trên tính hợp pháp của hóa đơn, bản chất giao dịch và việc đáp ứng các điều kiện tại Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, đã được sửa đổi, bổ sung.

1. Căn cứ Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 về các hành vi bị nghiêm cấm

Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 quy định các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT, trong đó có những hành vi liên quan trực tiếp đến việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp.

Các hành vi cần đặc biệt lưu ý gồm:

• Mua, bán, cho, môi giới hóa đơn.
• Tạo lập giao dịch mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc không đúng thực tế.
• Lập, sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ.

Như vậy, vấn đề cần xác định không chỉ là doanh nghiệp bán hàng có bỏ trốn hay không, mà còn là hóa đơn và giao dịch mua bán có thuộc các hành vi bị nghiêm cấm theo Điều 13 hay không.

2. Căn cứ khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 14 về khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 quy định nguyên tắc và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Khoản 1 Điều 14 – Nguyên tắc khấu trừ: Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ theo quy định.

Khoản 2 Điều 14 – Điều kiện khấu trừ: Doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hợp pháp hoặc chứng từ nộp thuế GTGT theo quy định; đồng thời đáp ứng điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và các điều kiện liên quan.

Khoản 3 Điều 14 – Trường hợp không được khấu trừ: Thuế GTGT đầu vào của hóa đơn, chứng từ phát sinh từ các hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 13 không được khấu trừ.

Do đó, doanh nghiệp muốn khấu trừ thuế GTGT đầu vào phải đáp ứng đồng thời các nguyên tắc, điều kiện khấu trừ và không thuộc trường hợp bị loại trừ theo quy định.

3. Trường hợp hóa đơn phát sinh từ hành vi bị nghiêm cấm

Nếu hóa đơn được lập từ giao dịch mua bán không có thật, mua bán hóa đơn hoặc hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp thuộc Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 thì thuế GTGT đầu vào tương ứng không được khấu trừ theo khoản 3 Điều 14.

Ví dụ: Doanh nghiệp A nhận hóa đơn mua nguyên vật liệu từ doanh nghiệp B nhưng thực tế không có hàng hóa được giao nhận, không phát sinh hoạt động mua bán. Nếu xác định đây là giao dịch khống thuộc hành vi bị nghiêm cấm, doanh nghiệp A không được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn đó.

4. Trường hợp có giao dịch mua bán thực tế nhưng bên bán sau đó bỏ địa chỉ kinh doanh

Trường hợp doanh nghiệp mua hàng thực tế, có hóa đơn và chứng từ hợp lệ nhưng sau đó bên bán bị xác định không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký thì cần xem xét từng giao dịch cụ thể.

Kế toán cần kiểm tra thời điểm mua hàng, ngày lập hóa đơn, hồ sơ giao nhận, chứng từ thanh toán và tình trạng pháp lý của hóa đơn.

Việc bên bán bỏ địa chỉ kinh doanh sau khi phát sinh giao dịch không tự động chứng minh hóa đơn trước đó là hóa đơn khống. Tuy nhiên, doanh nghiệp mua hàng vẫn phải chứng minh giao dịch và đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT.

III. Điều GTGT Kiện Để Hóa Đơn Của Doanh Nghiệp Bỏ Trốn Được Xem Xét Khấu Trừ Thuế GTGT

Hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn chỉ được xem xét khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đáp ứng các nguyên tắc, điều kiện tại khoản 1, khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và không thuộc trường hợp không được khấu trừ theo khoản 3 Điều 14. Doanh nghiệp cần kiểm tra các nội dung sau:

1. Điều kiện về hóa đơn GTGT hợp pháp

Doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hợp pháp hoặc chứng từ nộp thuế GTGT theo quy định. Hóa đơn cần phản ánh đúng giao dịch thực tế, thông tin người bán, người mua, hàng hóa, dịch vụ và số thuế GTGT.

Nếu hóa đơn phát sinh từ hành vi bị nghiêm cấm tại Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

2. Điều kiện về mục đích sử dụng hàng hóa, dịch vụ

Theo khoản 1 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024, hàng hóa, dịch vụ mua vào phải được sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT để được khấu trừ theo quy định.

Doanh nghiệp cần chứng minh hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ hoạt động kinh doanh thông qua hồ sơ nhập kho, xuất kho, sản xuất, nghiệm thu hoặc các chứng từ liên quan.

3. Điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT), trừ trường hợp pháp luật có quy định ngoại lệ.

Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp, doanh nghiệp cần lưu hợp đồng và chứng từ liên quan. Khi đến hạn thanh toán theo hợp đồng, nếu không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định thì phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ.

4. Điều kiện chứng minh giao dịch mua bán thực tế

Khi bên bán bị xác định không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, doanh nghiệp mua hàng cần chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế, bao gồm:

• Hợp đồng, đơn đặt hàng, báo giá.
• Hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán.
• Phiếu nhập kho, xuất kho, biên bản giao nhận.
• Biên bản nghiệm thu, chứng từ vận chuyển (nếu có).
• Sổ kế toán và chứng từ phản ánh việc sử dụng hàng hóa, dịch vụ.

Đây là các tài liệu hỗ trợ chứng minh giao dịch, không phải danh mục chứng từ bắt buộc giống nhau cho mọi trường hợp.

5. Những dấu hiệu giao dịch có nguy cơ bị xác định là giao dịch khống

Một số dấu hiệu cần kiểm tra gồm:

• Có hóa đơn nhưng không có hàng hóa, dịch vụ thực tế.
• Không có chứng từ giao nhận hoặc nghiệm thu phù hợp.
• Hàng hóa trên hóa đơn không khớp với dữ liệu nhập kho, xuất kho.
• Thanh toán không phù hợp với hợp đồng hoặc có dấu hiệu dòng tiền bất thường.
• Nhà cung cấp không chứng minh được năng lực thực hiện giao dịch.

Các dấu hiệu trên là căn cứ nhận diện rủi ro, không đồng nghĩa giao dịch chắc chắn là giao dịch khống.

Kết luận: Để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, bên mua phải đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ theo Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024. Hóa đơn hợp pháp, chứng từ thanh toán và hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế là những yếu tố quan trọng khi doanh nghiệp giải trình với cơ quan thuế.

IV. Chuẩn Bị Hồ Sơ Để Chứng Minh Giao Dịch Mua Hàng Là Có Thật

Khi phát hiện bên bán bỏ địa chỉ kinh doanh, doanh nghiệp mua hàng cần tập hợp chứng từ chứng minh giao dịch thực tế, từ thỏa thuận mua bán, giao nhận hàng hóa đến thanh toán và hạch toán kế toán. Hồ sơ càng đầy đủ, nhất quán càng thuận lợi cho việc giải trình với cơ quan thuế.

1. Nhóm hồ sơ pháp lý và thương mại

Bao gồm hợp đồng mua bán, báo giá, đơn đặt hàng, phụ lục hợp đồng và các thỏa thuận liên quan. Những tài liệu này giúp xác định đối tác, nội dung giao dịch, giá trị hàng hóa, dịch vụ và điều kiện thanh toán.

2. Nhóm hồ sơ giao nhận hàng hóa, dịch vụ

Gồm phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, biên bản bàn giao, chứng từ vận chuyển hoặc biên bản nghiệm thu dịch vụ. Đây là nhóm chứng từ quan trọng để chứng minh hàng hóa đã được giao hoặc dịch vụ đã được thực hiện.

3. Nhóm hồ sơ thanh toán

Doanh nghiệp cần lưu ủy nhiệm chi, sao kê ngân hàng, giấy báo nợ, biên bản đối chiếu công nợ và chứng từ thanh toán liên quan.

Đối với giao dịch thuộc diện bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt để khấu trừ thuế GTGT, chứng từ thanh toán phải đáp ứng quy định tại Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 và văn bản hướng dẫn.

4. Nhóm hồ sơ kế toán

Bao gồm sổ chi tiết công nợ, sổ kế toán liên quan, chứng từ hạch toán, thẻ kho, báo cáo nhập – xuất – tồn và dữ liệu sử dụng hàng hóa.

Các tài liệu này giúp đối chiếu việc mua hàng với hoạt động sản xuất, kinh doanh thực tế của doanh nghiệp.

5. Nhóm chứng cứ bổ trợ

Email đặt hàng, tin nhắn trao đổi, hình ảnh giao nhận, biên bản nghiệm thu, nhật ký công trình hoặc hồ sơ thi công có thể được sử dụng để bổ sung căn cứ chứng minh giao dịch.

Lưu ý: Không phải tất cả tài liệu trên đều là chứng từ bắt buộc đối với mọi giao dịch. Doanh nghiệp cần phân biệt chứng từ pháp luật yêu cầu với tài liệu bổ trợ phục vụ xác minh, giải trình.

V. Xử Lý Hóa Đơn Của Doanh Nghiệp Bỏ Trốn Đã Kê Khai Thuế GTGT

Khi phát hiện hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn có rủi ro, kế toán không nên tự động loại thuế GTGT đầu vào. Trước tiên, cần kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn, giao dịch thực tế và điều kiện khấu trừ. Nếu xác định có sai sót, doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung theo quy định.

1. Hóa đơn có rủi ro nhưng chưa kê khai

Kế toán cần tra cứu tình trạng bên bán, kiểm tra hóa đơn, hợp đồng, chứng từ giao nhận và thanh toán. Chỉ kê khai khấu trừ khi có đủ căn cứ đáp ứng điều kiện pháp luật; nếu chưa rõ, cần tiếp tục xác minh.

2. Hóa đơn đã kê khai khấu trừ ở kỳ trước

Doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ và xác định hóa đơn có đủ điều kiện khấu trừ tại kỳ kê khai hay không.

Nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện, doanh nghiệp lưu hồ sơ để giải trình. Nếu phát hiện kê khai sai, phải xác định nội dung và kỳ tính thuế cần khai bổ sung.

3. Hóa đơn không đủ điều kiện khấu trừ

Khi xác định hóa đơn phát sinh từ hành vi bị nghiêm cấm hoặc không đáp ứng điều kiện khấu trừ theo Điều 14 Luật Thuế

GTGT, doanh nghiệp phải loại số thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện.
Nếu số thuế này đã được kê khai khấu trừ, kế toán cần thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh theo quy định áp dụng.

4. Khai bổ sung làm tăng thuế phải nộp hoặc giảm thuế được hoàn

Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế GTGT phải nộp, doanh nghiệp phải nộp phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp nếu phát sinh.

Trường hợp làm giảm số thuế đã được hoàn, doanh nghiệp cần xác định nghĩa vụ hoàn trả và các khoản liên quan theo quy định.

5. Sai sót chỉ ảnh hưởng số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau

Nếu sai sót chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau, kế toán cần áp dụng đúng quy định về kỳ kê khai bổ sung và phản ánh số điều chỉnh.

Không xử lý trường hợp này giống với sai sót làm tăng ngay số thuế phải nộp.

6. Lưu hồ sơ giải trình và kiểm soát số liệu điều chỉnh

Doanh nghiệp nên lập hồ sơ riêng cho từng hóa đơn có rủi ro, gồm kết quả tra cứu bên bán, chứng từ giao dịch, bảng xác định điều kiện khấu trừ, tờ khai bổ sung (nếu có) và bảng đối chiếu số liệu trước – sau điều chỉnh.

Sơ đồ xử lý hóa đơn có rủi ro:

Phát hiện hóa đơn rủi ro → Kiểm tra hóa đơn và chứng cứ giao dịch → Xác định đủ hoặc không đủ điều kiện khấu trừ → Xem xét nghĩa vụ kê khai bổ sung → Hoàn thiện hồ sơ giải trình.

Việc bên bán bỏ địa chỉ kinh doanh không đồng nghĩa doanh nghiệp mua hàng phải điều chỉnh toàn bộ thuế GTGT đã khấu trừ. Quyết định xử lý phải dựa trên kết quả xác minh từng hóa đơn, điều kiện khấu trừ và ảnh hưởng thực tế đến số thuế đã kê khai.

Để xử lý thành thạo các nghiệp vụ thuế GTGT, từ xác định thuế suất, kiểm tra hóa đơn, chứng từ đến kê khai và quyết toán thuế, bạn có thể tham khảo Khóa học Kế toán Thuế thực hành tại Kế toán Lê Ánh. Chương trình giúp học viên củng cố kiến thức pháp luật thuế và nâng cao kỹ năng xử lý các tình huống phát sinh trong thực tế doanh nghiệp.