Hướng Dẫn Kê Khai Bổ Sung, Điều Chỉnh Tờ Khai Thuế GTGT Mới Nhất

Kê khai bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT là thao tác kế toán thực hiện khi hồ sơ khai thuế đã nộp phát hiện sai, sót về chỉ tiêu, số liệu hoặc hóa đơn. Đây là nghiệp vụ khó, dễ nhầm lẫn giữa "khai bổ sung tại kỳ gốc" và "kê khai điều chỉnh tại kỳ hiện tại", đồng thời liên quan trực tiếp tới tiền chậm nộp và mức phạt. Bài viết sau Kế toán Lê Ánh hướng dẫn chi tiết cách xử lý theo đúng khung pháp lý áp dụng năm 2026, kèm ví dụ có số liệu để kế toán áp thẳng vào tình huống thực tế của doanh nghiệp.

I. Căn cứ pháp lý áp dụng năm 2026

Nhiều bài hướng dẫn trên mạng hiện vẫn trích Thông tư 156/2013/TT-BTC – văn bản đã hết hiệu lực. Kế toán cần bám đúng hệ thống văn bản còn hiệu lực dưới đây:

• Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 – Điều 47 quy định quyền và thời hạn khai bổ sung hồ sơ khai thuế; kế thừa và bổ sung tại Luật Quản lý thuế 2025 về tiền chậm nộp, khung phạt và hành vi khai sai (Điều 45, Điều 16).
• Thông tư 80/2021/TT-BTC – ban hành mẫu tờ khai thuế GTGT 01/GTGT và mẫu Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh 01/KHBS; đây là căn cứ trực tiếp thay thế Thông tư 156/2013.
• Thông tư 40/2025/TT-BTC – sửa đổi mẫu tờ khai 01/GTGT tại Phụ lục II Thông tư 80/2021.
• Nghị định 181/2025/NĐ-CP (áp dụng từ 01/7/2025) – hướng dẫn Luật Thuế GTGT mới; quy định hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 05 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ.
• Thông tư 89/2026/TT-BTC (ban hành 30/6/2026, áp dụng từ 01/7/2026) – cập nhật mẫu biểu và hướng dẫn kê khai chỉ tiêu [37], [38] trên tờ khai 01/GTGT.
• Nghị định 125/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP (hiệu lực từ 16/01/2026) – khung xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.

Nguyên tắc xuyên suốt các văn bản trên: kê khai bổ sung theo từng hồ sơ khai thuế có sai sót, không gộp nhiều kỳ vào một lần; và phải nhập lý do giải trình cho từng chỉ tiêu bị điều chỉnh trên mẫu 01/KHBS – khác cơ chế cũ chỉ ghi một lý do chung cho toàn bộ sai sót.

II. Kê khai bổ sung thuế GTGT là gì? Khi nào bắt buộc thực hiện?

Kê khai bổ sung thuế GTGT là thao tác lập lại tờ khai của kỳ tính thuế có sai sót ở trạng thái "Bổ sung", kèm Bản giải trình 01/KHBS, để sửa số liệu đã kê khai sai so số liệu đúng. Người nộp thuế bắt buộc thực hiện khi phát hiện tờ khai đã nộp có sai, sót ở bất kỳ chỉ tiêu nào – dù sai sót đó có làm thay đổi số thuế phải nộp hay không.

Về thời hạn, theo Điều 47 Luật Quản lý thuế, người nộp thuế được khai bổ sung trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót, và phải hoàn tất trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp. Các mốc xử lý cần nắm rõ:

• Khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra: được coi là tự giác khắc phục, cơ sở để miễn xử phạt hành vi khai sai.
• Khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra: vẫn được khai nhưng bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.
• Khai bổ sung sau khi đã có kết luận, quyết định xử lý sau thanh tra, kiểm tra: chỉ được khai bổ sung phần làm tăng số thuế phải nộp, giảm số được khấu trừ, giảm số được miễn – giảm – hoàn, và bị xử phạt; phần làm giảm nghĩa vụ thuế thực hiện theo thủ tục khiếu nại.

Một thay đổi quan trọng cần nhớ: theo Luật Quản lý thuế và Nghị định 126/2020/NĐ-CP, mọi sai sót phát hiện sau khi đã gửi tờ khai lần đầu đều phải nộp tờ khai bổ sung, không phân biệt còn trong hay đã ngoài thời hạn nộp tờ khai. Cơ chế "sửa trực tiếp trên tờ khai lần đầu khi còn hạn" của Thông tư 156/2013 trước đây đã bị bãi bỏ; hệ thống Thuế điện tử của cơ quan thuế sẽ không cho nộp lại ở trạng thái "lần đầu".

III. Xác Định Nhanh: Sai Sót Nào – Khai Bổ Sung Kỳ Nào – Điều Chỉnh Chỉ Tiêu Nào

Đây là nút thắt khiến phần lớn kế toán lúng túng. Bảng phân loại dưới đây tổng hợp bốn nhóm sai sót phổ biến nhất, xác định rõ khai ở kỳ nào và chỉ tiêu điều chỉnh tương ứng:

• Nhóm 1 – Sai sót không làm thay đổi số thuế phải nộp, số được khấu trừ, số đề nghị hoàn: lập tờ khai bổ sung của kỳ có sai sót, kèm tài liệu giải thích; không phải lập Bản giải trình 01/KHBS. Áp dụng cho các lỗi như sai giá trị hàng mua vào (chỉ tiêu [23]), sai doanh thu bán ra (chỉ tiêu [26], [29], [30], [32], [32a]) mà số thuế không đổi.
• Nhóm 2 – Bỏ sót hóa đơn đầu vào chưa kê khai: doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ bổ sung hóa đơn bỏ sót vào kỳ phát hiện, thực hiện trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra. Không phải làm tờ khai bổ sung kỳ gốc. Lưu ý điều kiện khấu trừ theo Nghị định 181/2025: hóa đơn từ 05 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
• Nhóm 3 – Bỏ sót hoặc sai hóa đơn đầu ra, hoặc kê khai trùng hóa đơn đầu vào: phải lập tờ khai bổ sung tại kỳ gốc (kỳ phát sinh hóa đơn) theo nguyên tắc "sai đâu – sửa đấy". Nhóm sai sót này thường làm tăng số thuế phải nộp, kéo theo tiền chậm nộp.
• Nhóm 4 – Sai sót làm thay đổi số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: lập tờ khai bổ sung kỳ gốc để xác định chênh lệch trên 01/KHBS, sau đó đưa chênh lệch vào chỉ tiêu [37] (điều chỉnh giảm) hoặc chỉ tiêu [38] (điều chỉnh tăng) của tờ khai kỳ hiện tại.

Ghi nhớ nhanh: sai đầu ra và trùng đầu vào thì về kỳ gốc; sót đầu vào thì đẩy sang kỳ phát hiện; phần khấu trừ chuyển kỳ thì điều chỉnh qua [37]/[38] tại kỳ hiện tại.

 

IV. Hướng dẫn chi tiết từng trường hợp kèm ví dụ số liệu

Trường hợp 1: Sai sót không làm thay đổi số thuế phải nộp, được khấu trừ

Kế toán chỉ cần lập tờ khai bổ sung của kỳ có sai sót và gửi kèm tài liệu giải thích, miễn lập Bản giải trình 01/KHBS.

Ví dụ: Ngày 01/6/202X, Công ty Lê Ánh phát hiện tờ khai quý I/202X ghi sai chỉ tiêu [23] – giá trị hàng mua vào: số đã kê khai 50 triệu, số đúng phải là 55 triệu, nhưng thuế suất và số thuế khấu trừ không đổi. Doanh nghiệp lập tờ khai bổ sung quý I/202X, sửa chỉ tiêu [23] từ 50 triệu lên 55 triệu, gửi kèm tài liệu giải thích cho cơ quan thuế. Số thuế phải nộp không thay đổi nên không phát sinh tiền chậm nộp.

Trường hợp 2: Bỏ sót hoặc sai hóa đơn đầu vào

Hóa đơn đầu vào chưa từng kê khai được khấu trừ bổ sung ngay tại kỳ phát hiện.

Ví dụ: Công ty TNHH Đào tạo và Cung ứng nhân lực Lê Ánh kê khai thuế GTGT theo quý. Tháng 8/202X (quý III) phát hiện một hóa đơn GTGT mua vào ngày 15/12/202X-1 (thuộc quý IV/202X-1) chưa kê khai. Doanh nghiệp kê khai bổ sung hóa đơn này ngay tại tờ khai quý III/202X – kỳ phát hiện – mà không phải lập tờ khai bổ sung quý IV/202X-1, do hóa đơn đủ điều kiện khấu trừ và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo Nghị định 181/2025.

Trường hợp hóa đơn đầu vào đã kê khai nhưng ghi sai số liệu, kế toán xử lý theo hướng "sai đâu – sửa đấy" như minh họa dưới đây.

Ngày 10/5/202X, Công ty Lê Ánh phát hiện tờ khai quý I/202X ghi sai thông tin hóa đơn đầu vào:

Các bước thực hiện trên phần mềm HTKK / Thuế điện tử:

• Bước 1: Chọn kỳ kê khai sai là quý I/202X.
• Bước 2: Chọn trạng thái tờ khai "Bổ sung".
• Bước 3: Sửa chỉ tiêu [24] và [25] từ 10 triệu lên 11 triệu; nhập mã giao dịch điện tử của hồ sơ khai thuế lần đầu để hệ thống liên kết hồ sơ bổ sung với hồ sơ gốc.
• Bước 4: Ấn "Tổng hợp KHBS" (hoặc "Ghi") để hệ thống lập Bản giải trình 01/KHBS; nhập lý do giải trình cho từng chỉ tiêu bị điều chỉnh.
• Bước 5: Mở 01/KHBS kiểm tra kết quả điều chỉnh.
• Bước 6: Kết xuất tờ khai XML, nộp tờ khai bổ sung cho cơ quan thuế.
• Bước 7: Phần chênh lệch làm tăng số thuế còn được khấu trừ 1 triệu đồng đưa vào chỉ tiêu [38] của tờ khai kỳ hiện tại (ví dụ quý II/202X). Lưu ý chỉ tiêu [22] của kỳ hiện tại lấy theo chỉ tiêu [43] – thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau – trên tờ khai lần đầu của kỳ trước.

Trường hợp 3: Bỏ sót hoặc sai hóa đơn đầu ra

Sai sót đầu ra bắt buộc lập tờ khai bổ sung tại kỳ gốc.

Ví dụ: Tháng 2/202X, Công ty Lê Ánh phát hiện một hóa đơn GTGT đầu ra phát sinh ngày 25/11/202X-1 chưa kê khai vào tờ khai quý IV/202X-1. Doanh nghiệp phải lập hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh tờ khai quý IV/202X-1, kê khai bổ sung phần doanh thu và thuế đầu ra còn thiếu. Sai sót đầu ra bị bỏ sót gần như luôn làm tăng số thuế phải nộp, do đó kế toán phải tính và nộp phần thuế tăng thêm cùng tiền chậm nộp (xem Mục VI).

Trường hợp ghi thừa đầu ra, kế toán điều chỉnh giảm. Ví dụ tờ khai quý I/202X ghi chỉ tiêu [32] doanh thu 80 triệu và [33] thuế đầu ra 8 triệu, số đúng là 70 triệu và 7 triệu. Doanh nghiệp lập tờ khai bổ sung quý I/202X, sửa [32] xuống 70 triệu, [33] xuống 7 triệu, kết xuất 01/KHBS và nộp lại.

Trường hợp 4: Đã được hoàn thuế mới phát hiện sai sót

Đây là tình huống nhiều doanh nghiệp bỏ qua nhưng rủi ro cao. Nếu kê khai bổ sung làm giảm số thuế còn được khấu trừ tại kỳ đã có sai sót mà doanh nghiệp đã được hoàn phần chênh lệch đó, doanh nghiệp phải nộp lại số tiền hoàn sai kèm tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước. Nếu chưa đề nghị hoàn, phần chênh lệch giảm được đưa vào chỉ tiêu [37] của kỳ hiện tại và không phát sinh nghĩa vụ nộp lại.

Điều chỉnh nhiều lần cho một kỳ kê khai

Doanh nghiệp được nộp nhiều tờ khai bổ sung cho cùng một kỳ, nhưng phải nắm căn cứ đối chiếu: khai bổ sung lần 1 lấy số liệu tờ khai lần đầu làm gốc đối chiếu; khai bổ sung lần 2 lấy số liệu tờ khai bổ sung lần 1; khai bổ sung lần 3 lấy số liệu tờ khai bổ sung lần 2; và tiếp tục theo trình tự đó.

Ví dụ: Kỳ quý I/202X kê khai lần đầu chỉ tiêu [32] = 100.000.000, [33] = 10.000.000. Ngày 15/4, phát hiện kê thừa một hóa đơn đã xóa bỏ (doanh thu 20 triệu, thuế 2 triệu) nên lập bổ sung lần 1: [32] = 80.000.000, [33] = 8.000.000. Ngày 8/5, phát hiện tiếp một hóa đơn bị sót (doanh thu 20 triệu, thuế 2 triệu) nên lập bổ sung lần 2, đối chiếu trên nền số của lần 1, đưa [32] về 100.000.000 và [33] về 10.000.000.

V. Cách kê khai chỉ tiêu [37] và [38] trên tờ khai 01/GTGT

Chỉ tiêu [37] và [38] thuộc Phần IV – "Điều chỉnh tăng, giảm thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước" – trên tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 80/2021, cập nhật Thông tư 89/2026. Hai chỉ tiêu này chỉ dùng để điều chỉnh thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, không dùng cho thuế đầu ra:

• Chỉ tiêu [37] – Điều chỉnh giảm: đưa vào phần chênh lệch làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của kỳ trước, lấy từ chỉ tiêu II của Bản giải trình 01/KHBS.
• Chỉ tiêu [38] – Điều chỉnh tăng: đưa vào phần chênh lệch làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của kỳ trước, cũng lấy từ chỉ tiêu II của 01/KHBS.

Nguyên tắc vận hành cần ghi nhớ:

• Số liệu ghi vào [37] hoặc [38] căn cứ số thuế khấu trừ điều chỉnh tăng/giảm tại chỉ tiêu II trên tờ khai bổ sung 01/KHBS của kỳ có sai sót.
• Trường hợp khai bổ sung nhiều kỳ, tổng hợp toàn bộ số điều chỉnh vào chỉ tiêu tương ứng của tờ khai kỳ hiện tại.
• Lưu giữ tờ khai bổ sung 01/KHBS làm căn cứ giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra; số liệu phải khớp chứng từ, sổ kế toán và bản giải trình.

VI. Tiền chậm nộp và mức xử phạt khi khai bổ sung

Phần đông kế toán tra cứu nghiệp vụ này đều lo "có bị phạt không, phạt bao nhiêu". Cần tách bạch tiền chậm nộp (lãi tính theo ngày, không phải hình thức xử phạt) và tiền phạt vi phạm hành chính.

Công thức tính tiền chậm nộp:

Tiền chậm nộp = Số tiền thuế khai thiếu × 0,03%/ngày × Số ngày chậm nộp

Số ngày chậm nộp tính từ ngày kế tiếp hạn nộp gốc của kỳ tính thuế đến ngày nộp bổ sung thực tế.

Ví dụ: Công ty A khai bổ sung tờ khai quý I/2026 làm tăng số thuế phải nộp thêm 100.000.000 đồng. Hạn nộp gốc của quý I/2026 là 30/4/2026, ngày nộp bổ sung thực tế là 21/7/2026, tương ứng 82 ngày chậm nộp.

Tiền chậm nộp = 100.000.000 × 0,03% × 82 = 2.460.000 đồng

Doanh nghiệp nộp 100 triệu tiền thuế tăng thêm cùng 2.460.000 đồng tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước.

Về xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020, sửa đổi bởi Nghị định 310/2025 (hiệu lực 16/01/2026):

• Tự phát hiện, khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra: không bị phạt hành vi khai sai. Nếu làm tăng số thuế phải nộp thì chỉ phát sinh tiền chậm nộp.
• Khai sai, khai không đầy đủ chỉ tiêu nhưng không liên quan xác định nghĩa vụ thuế: phạt tiền theo mức thủ tục, thường từ 1.500.000 đến 2.500.000 đồng.
• Khai sai có liên quan căn cứ tính thuế nhưng chưa dẫn đến thiếu số thuế phải nộp: phạt từ 5.000.000 đến 8.000.000 đồng.
• Khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn: phạt 20% trên số thuế khai thiếu, kèm nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp.
• Trốn thuế (không có căn cứ kê khai, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, giả mạo thông tin): phạt từ 01 đến 03 lần số thuế trốn.

Ranh giới quyết định doanh nghiệp có phải nộp phạt 20% hay chỉ chịu tiền chậm nộp chính là thời điểm tự giác khai bổ sung so mốc công bố thanh tra, kiểm tra. Chủ động rà soát và khai bổ sung sớm là cách hạn chế thiệt hại hiệu quả nhất.

VII. Thao tác nộp tờ khai bổ sung trên Thuế điện tử (eTax)

Phần lớn doanh nghiệp hiện nộp hồ sơ bổ sung qua hệ thống Thuế điện tử eTax, không dừng ở HTKK. Trình tự thực hành:

• Đăng nhập eTax, chọn kỳ tính thuế có sai sót và trạng thái tờ khai "Bổ sung".
• Nhập mã giao dịch điện tử của hồ sơ khai thuế lần đầu đã nộp – bước then chốt để hệ thống liên kết hồ sơ bổ sung với hồ sơ gốc; thiếu bước này hệ thống sẽ báo lỗi.
• Sửa chỉ tiêu sai theo nguyên tắc "sai đâu – sửa đấy": khai thừa thì trừ đi, khai thiếu thì cộng vào.
• Mở Bản giải trình 01/KHBS, nhập lý do giải trình cho từng chỉ tiêu bị điều chỉnh theo yêu cầu của Thông tư 80/2021.
• Kết xuất XML và nộp; nếu phát sinh thuế tăng thêm, nộp thuế và tiền chậm nộp qua eTax Mobile hoặc ngân hàng điện tử theo mã tiểu mục tương ứng.

Kết luận

Kê khai bổ sung, điều chỉnh tờ khai thuế GTGT năm 2026 xoay quanh ba câu hỏi: sai sót thuộc nhóm nào, khai ở kỳ gốc hay kỳ hiện tại, và dùng chỉ tiêu điều chỉnh nào. Nắm chắc bảng phân loại sai sót ở Mục III, xử lý đúng chỉ tiêu [37]/[38], tính đủ tiền chậm nộp và chủ động khai bổ sung trước thời điểm thanh tra là cách doanh nghiệp vừa tuân thủ vừa hạn chế rủi ro tài chính.

Để thành thạo toàn bộ nghiệp vụ kê khai, xử lý sai sót và ứng phó tình huống thuế thực tế, tham khảo Khóa Học Kế Toán Thuế tại Kế toán Lê Ánh.