Xử lý trường hợp thuế GTGT đầu vào lệch với sổ sách kế toán

Trong quá trình kê khai thuế, kế toán rất dễ gặp trường hợp thuế GTGT đầu vào trên tờ khai không khớp với số liệu trên sổ sách kế toán. Lệch số liệu có thể đến từ việc kê khai thiếu hóa đơn, ghi sổ sai, hoặc nhập liệu không đầy đủ.

Đây là lỗi phổ biến nhưng hoàn toàn có thể xử lý đúng quy định nếu nắm rõ cách thực hiện. Bài viết dưới đây, giảng viên khóa học kế toán thực hành tại Kế toán Lê Ánh sẽ trình bày cách xử lý mới nhất theo Luật Quản lý thuế và các văn bản hiện hành.

Xử lý trường hợp thuế GTGT đầu vào lệch với sổ sách kế toán

1. Hiểu đúng "lệch thuế GTGT đầu vào giữa tờ khai và sổ sách"

Trong phạm vi bài viết, ta đang nói đến tình huống:

• Sổ sách kế toán: đã hạch toán đầy đủ hóa đơn đầu vào (tài khoản 152, 156, 211, 242… và 1331).
• Tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT): bị kê khai thiếu một hoặc một số hóa đơn → Chỉ tiêu [23], [24], [25] thấp hơn số lẽ ra phải kê khai.

Tức là: Doanh nghiệp có quyền khấu trừ nhưng do sai sót kê khai nên chưa “nhận” hết quyền khấu trừ trên tờ khai.

2. Nguyên tắc pháp lý hiện hành cần nắm

- Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào vẫn theo Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC, được sửa đổi bởi Thông tư 26/2015/TT-BTC:

• Hóa đơn GTGT hợp pháp, đầy đủ chỉ tiêu.
• Hàng hóa, dịch vụ phục vụ SXKD chịu thuế GTGT.
• Giá trị từ 20 triệu trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt hợp lệ.

- Quy định 6 tháng kê khai, khấu trừ bổ sung đã bị bãi bỏ từ Thông tư 26/2015/TT-BTC. Hiện nay:

• Hóa đơn đầu vào bị kê sót không còn bị khống chế trong vòng 6 tháng như trước đây.
• Miễn là đáp ứng điều kiện khấu trừ và chưa hết thời hiệu khai bổ sung hồ sơ thuế.

- Khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT:

• Thực hiện theo Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 80/2021/TT-BTC.
• Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm, kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ đó và trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở.
• Khi khai bổ sung dùng mẫu 01/KHBS kèm tờ khai điều chỉnh của kỳ có sai sót (01/GTGT).

Xem thêm: Hướng Dẫn Lập Tờ Khai Thuế GTGT Bổ Sung

⇒ Nghĩa là: 

• Hóa đơn đầu vào kê khai thiếu vẫn được kê khai bổ sung nhiều năm sau, miễn chưa bị thanh tra/kiểm tra kỳ đó và trong thời hạn 10 năm.
• Không còn “hết 6 tháng là mất quyền khấu trừ” như các bài viết cũ.

3. Quy trình xử lý khi phát hiện kê khai thiếu hóa đơn đầu vào

Bước 1 – Rà soát sai sót

• Kiểm tra lại hóa đơn: số hóa đơn, ngày, MST, nội dung, số tiền, thuế suất, chứng từ thanh toán.
• Đảm bảo hóa đơn hợp pháp + đủ điều kiện khấu trừ (đặc biệt điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn ≥ 20 triệu).
• Đối chiếu sổ cái TK 1331 với:
  • Bảng kê hóa đơn đầu vào
  • Tờ khai 01/GTGT từng kỳ

Bước 2 – Xác định tính “trọng yếu” ở góc độ quản trị

Về pháp lý, không có khái niệm “trọng yếu hay không trọng yếu” để quyết định được hay không được khấu trừ.

Nhưng ở góc độ quản trị nội bộ, doanh nghiệp thường chia:

• Hóa đơn giá trị nhỏ (ví dụ vài triệu, 5–10 triệu) → nếu phát hiện quá muộn, doanh nghiệp có thể chấp nhận bỏ quyền khấu trừ, hạch toán VAT vào chi phí.
• Hóa đơn giá trị lớn, ảnh hưởng đáng kể → nên khai bổ sung để bảo toàn quyền khấu trừ.

Bước 3 – Chọn phương án xử lý

3.1. Phương án chuẩn: Kê khai bổ sung để khấu trừ đủ thuế đầu vào

Áp dụng khi:

• Hóa đơn hợp lệ, đủ điều kiện khấu trừ.
• Chưa có quyết định kiểm tra/ thanh tra thuế cho kỳ đó.

Cách làm:

1. Lập tờ khai bổ sung 01/KHBS cho kỳ có sai sót (quý/tháng bỏ sót hóa đơn).
2. Lập lại tờ khai 01/GTGT của kỳ đó (trên phần mềm HTKK/eTax), bổ sung thêm hóa đơn bị kê sót → chỉ tiêu [23], [24], [25] tăng lên tương ứng.
3. Trên 01/KHBS, giải trình: “Kê khai bổ sung do bỏ sót hóa đơn đầu vào số…, ngày…, số thuế GTGT được khấu trừ tăng thêm…”.
4. Gửi hồ sơ khai bổ sung trên hệ thống thuế điện tử.

Lưu ý về tiền phạt/chậm nộp:

• Trường hợp kê khai thiếu thuế GTGT được khấu trừ (tức là kê khai thiếu quyền lợi của DN, không làm giảm số thuế phải nộp), thì:
  • Thông thường không phát sinh tiền chậm nộp hay phạt 20% do không thiếu tiền thuế nộp NSNN.
  • DN chỉ “thiệt” ở chỗ trước đó chưa hưởng hết quyền khấu trừ.
• Tuy nhiên, nếu cơ quan thuế đã kiểm tra, phát hiện sai và xác định có vi phạm về khai sai dẫn đến thiếu thuế/ tăng hoàn thì có thể bị ấn định, truy thu, phạt theo Luật Quản lý thuế.
  THƯ VIỆN PHÁP LUẬT

3.2. Phương án chấp nhận bỏ khấu trừ, đưa VAT vào chi phí

Áp dụng khi:

• Giá trị hóa đơn rất nhỏ, DN không muốn làm lại tờ khai.
• Hoặc hóa đơn thuộc kỳ đã bị kiểm tra/ thanh tra, không còn cơ hội khai bổ sung cho kỳ đó.

Cách xử lý kế toán:

Kết chuyển phần thuế GTGT không được khấu trừ sang chi phí:

Nợ TK 642 / 811

Có TK 1331

Sau bút toán này:

• Sổ cái TK 1331 khớp với số đã kê khai trên 01/GTGT.
• Thuế GTGT trên hóa đơn đó trở thành chi phí được trừ (nếu đáp ứng điều kiện tính chi phí thuế TNDN).

4. Ví dụ thực tế

Tình huống: 

- Quý 4/2024, DN A mua hàng hóa của nhà cung cấp B:

• Giá chưa thuế: 100.000.000 đồng
• Thuế GTGT 10%: 10.000.000 đồng

- Hóa đơn hợp lệ, thanh toán chuyển khoản, đã hạch toán sổ:

• Nợ TK 156: 100.000.000
• Nợ TK 1331: 10.000.000
• Có TK 331: 110.000.000

- Tuy nhiên, khi lập tờ khai thuế GTGT quý 4/2024, kế toán quên không đưa hóa đơn này vào → chỉ tiêu [23], [24], [25] bị thiếu 10.000.000 thuế GTGT được khấu trừ.

- Đến tháng 5/2025 (quý 2/2025), kế toán kiểm tra đối chiếu mới phát hiện.

Cách xử lý nên làm

Kiểm tra lại điều kiện khấu trừ: hóa đơn, thanh toán không dùng tiền mặt, mục đích sử dụng.

Lập tờ khai bổ sung 01/KHBS cho quý 4/2024, kèm:

• Tờ khai 01/GTGT điều chỉnh, bổ sung thêm hóa đơn này.
• Tăng chỉ tiêu [23], [24], [25] thêm 10.000.000.

Sau khi cơ quan thuế chấp nhận, số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau sẽ tăng thêm 10.000.000.

Kế toán không cần hạch toán thêm trên sổ, vì bút toán đã đầy đủ từ thời điểm nhận hóa đơn. Điều cần làm là chỉnh tờ khai để khớp với số liệu TK 1331.

5. Hạch toán kế toán khi xử lý chênh lệch

*Trường hợp kê khai bổ sung để tiếp tục khấu trừ

- Bút toán mua hàng ban đầu vẫn giữ nguyên (đã hạch toán đúng):

Nợ TK 152/156/211/242…

Nợ TK 1331

Có TK 111/112/331…

- Khi kê khai bổ sung, không cần thêm bút toán kế toán; chỉ cần đảm bảo: Số dư TK 1331 cuối kỳ sau khi điều chỉnh khớp với tờ khai 01/GTGT (gốc + bổ sung).

*Trường hợp doanh nghiệp chấp nhận bỏ quyền khấu trừ (không kê bổ sung)

Khi quyết định không khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hóa đơn đó nữa, thực hiện:

Nợ TK 642 / 811

Có TK 1331

Sau đó, số dư TK 1331 sẽ giảm xuống đúng bằng số đã kê khai trên 01/GTGT.

6. Một số lưu ý thực tế để tránh lệch thuế GTGT đầu vào

Đối chiếu định kỳ (tháng/quý):

• Sổ cái TK 1331
• Bảng kê hóa đơn đầu vào (Excel/ phần mềm)
• Tờ khai thuế GTGT đã nộp

Thiết lập quy trình:

• Khóa sổ, chốt danh sách hóa đơn mua vào trước khi lập tờ khai.
• Hóa đơn về sau hạn nộp tờ khai → cho vào danh sách “hóa đơn kê khai bổ sung kỳ trước” để không quên.

Rà soát đặc biệt với hóa đơn giá trị lớn, nhiều nhà cung cấp, nhiều kho, nhiều chi nhánh.

Lưu trữ danh sách hóa đơn kê khai bổ sung theo từng kỳ để giải trình nhanh khi cơ quan thuế yêu cầu.

Nếu còn vướng trường hợp cụ thể, để lại comment/ liên hệ Kế toán Lê Ánh để được giải đáp nhé!

Để nắm chắc nghiệp vụ và xử lý đúng các tình huống kế toán thực tế, bạn có thể tham khảo các khóa học chuyên sâu tại Kế toán Lê Ánh. Trung tâm đào tạo các khóa kế toán tổng hợp, kế toán thuế và kế toán doanh nghiệp theo từng lĩnh vực, phù hợp cho người mới lẫn người muốn nâng cao.

Học viên được hướng dẫn trực tiếp bởi Kế toán trưởng nhiều năm kinh nghiệm, đảm bảo hiểu đúng – làm được – áp dụng ngay vào công việc. Bạn có thể xem chi tiết KHÓA HỌC KẾ TOÁN TỔNG HỢP hoặc các khóa chuyên môn khác để chọn lộ trình phù hợp.

Kế toán Lê Ánh chúc bạn thành công!

Ngoài các khóa học kế toán thì trung tâm Lê Ánh còn cung cấp các khoá học xuất nhập khẩu online - offline, khóa học hành chính nhân sự online - offline chất lượng tốt nhất hiện nay.