Hướng Dẫn Khai Thuế GTGT Đầu Vào Bị Sai, Sót Theo Quy Định Mới Nhất

Khi phát hiện thuế GTGT đầu vào của kỳ trước bị kê khai sai hoặc bỏ sót, doanh nghiệp không nên mặc định quay lại khai bổ sung kỳ phát sinh hóa đơn. Cách xử lý phụ thuộc vào tác động của sai sót đối với số thuế phải nộp, số thuế được hoàn và số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.

Về nguyên tắc, nếu điều chỉnh số thuế GTGT đầu vào tại kỳ phát sinh làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn, người nộp thuế phải khai bổ sung kỳ có sai, sót. Ngược lại, nếu việc điều chỉnh làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, khoản sai, sót được khai tại tháng hoặc quý phát hiện theo quy định. Việc khai này phải được xem xét trong điều kiện người nộp thuế phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế. 

Khai thuế GTGT đầu vào bị sai sót và cách xác định khai bổ sung hay kê khai kỳ phát hiện

Tóm Tắt Nhanh Hướng Dẫn Khai Thuế GTGT Đầu Vào Bị Sai, Sót

Nguyên tắc cần nhớ: Không bắt đầu bằng câu hỏi “hóa đơn thuộc kỳ nào?” hoặc “đưa vào chỉ tiêu [37] hay [38]?”. Kế toán cần tính lại nghĩa vụ thuế theo số liệu đúng trước, sau đó mới xác định kỳ khai và chỉ tiêu cần sử dụng.

1. Phân Biệt Hóa Đơn Bị Sai Với Thuế GTGT Đầu Vào Kê Khai Bị Sai, Sót

Đây là bước người đọc cần phân biệt để đưa ra hướng xử lý đúng trong thực tế.

Phân biệt hóa đơn bị lập sai và kê khai thuế GTGT đầu vào bị sai để lựa chọn cách xử lý

Hóa đơn điện tử bị lập sai

Sai sót nằm ngay trên hóa đơn do người bán lập, chẳng hạn sai đơn giá, số lượng, thuế suất, tiền thuế hoặc các thông tin khác phải xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử.Từ ngày 01/7/2026, việc xử lý hóa đơn điện tử thực hiện theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. 

Các bạn xem thêm bài viết: Cách xử lý hóa đơn sai sót theo quy định mới nhất

Sau khi hóa đơn được xử lý đúng, bên mua mới xác định ảnh hưởng của hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế đối với hồ sơ khai thuế GTGT.

Số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót

Trường hợp này có thể xảy ra ngay cả khi hóa đơn gốc hoàn toàn đúng, ví dụ:

• Kế toán bỏ sót hóa đơn; 
• Kê khai trùng hóa đơn; 
• Nhập sai số tiền thuế; 
• Kê khai một khoản thuế đầu vào chưa đủ điều kiện khấu trừ; 
• Trước đây đã điều chỉnh giảm nhưng sau đó phát sinh lại điều kiện khấu trừ. 

Đối với nhóm này, trọng tâm là xác định việc sửa sai sẽ tác động như thế nào đến nghĩa vụ thuế của kỳ phát sinh.

Sự phân biệt này rất quan trọng khi rà soát hồ sơ trước thanh tra, kiểm tra thuế. Các kế toán lưu ý, một doanh nghiệp có thể xử lý hóa đơn đúng về mặt hình thức nhưng vẫn kê khai sai kỳ; ngược lại, tờ khai có thể sai dù hóa đơn không hề sai.

2. Nguyên Tắc Khai Thuế GTGT Đầu Vào Khi Phát Hiện Sai, Sót

Quy định hiện hành phân việc xử lý thành hai nhóm rõ ràng.

Trường hợp phải khai bổ sung kỳ phát sinh sai, sót

Người nộp thuế phải khai bổ sung nếu khi đưa số thuế GTGT đầu vào về đúng kỳ phát sinh, kết quả làm:

• Tăng số thuế GTGT phải nộp; hoặc 
• Giảm số thuế GTGT được hoàn. 

Nếu phát sinh thêm thuế phải nộp, doanh nghiệp đồng thời phải nộp đủ số thuế tăng thêm và tiền chậm nộp nếu có. Trường hợp đã được hoàn vượt, số tiền hoàn tương ứng phải được xử lý theo quy định. 

Trường hợp kê khai tại kỳ phát hiện

Nếu việc sửa số thuế GTGT đầu vào tại kỳ phát sinh làm: Giảm số thuế phải nộp; hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, người nộp thuế thực hiện khai tại tháng hoặc quý phát hiện sai, sót. 

Điểm mấu chốt ở đây là kết quả của tờ khai sau khi sửa đúng, không phải chiều tăng hay giảm của riêng số thuế GTGT đầu vào.

3. Căn Cứ Pháp Lý Khi Xử Lý Thuế GTGT Đầu Vào Sai, Sót

Để tránh viện dẫn thiếu văn bản, phần căn cứ pháp lý nên được trình bày theo hệ thống thay vì liệt kê rời rạc.Các văn bản trọng tâm gồm:

• Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung, trong đó có Luật số 149/2025/QH15 và các quy định hiện hành liên quan đến thuế GTGT; Luật 149 có hiệu lực từ 01/01/2026. 
• Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT. 
• Nghị định 144/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ 20/6/2026, sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP và quy định lại một số nội dung về điều kiện khấu trừ, thanh toán không dùng tiền mặt. 
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC, áp dụng cho hồ sơ, thủ tục khai thuế từ 01/7/2026. 
• Đối với hóa đơn điện tử: Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC, đều có hiệu lực từ 01/7/2026. Khi xử lý hồ sơ cụ thể, cần xác định đúng thời điểm phát sinh giao dịch và thời điểm phát hiện sai sót để lựa chọn văn bản có hiệu lực tương ứng.

4. Hóa Đơn Đầu Vào Bị Bỏ Sót Kê Khai Thế Nào?

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót không mặc nhiên đồng nghĩa với việc phải quay lại khai bổ sung kỳ phát sinh hóa đơn. Kế toán phải tính lại nghĩa vụ thuế của kỳ đó.

Như vậy, việc sửa sai làm giảm số thuế phải nộp.

Trường hợp này thuộc nhóm kê khai tại kỳ phát hiện theo nguyên tắc đối với thuế GTGT đầu vào bị sai, sót, thay vì chỉ căn cứ vào ngày hóa đơn để mặc định khai bổ sung Quý I. 

Tuy nhiên, trước khi kê khai, kế toán vẫn phải kiểm tra:

• Hóa đơn và giao dịch có thực tế hay không; 
• Hàng hóa, dịch vụ có phục vụ hoạt động đáp ứng điều kiện khấu trừ hay không; 
• Chứng từ thanh toán đã đáp ứng yêu cầu hay chưa; 
• Hóa đơn có được người bán điều chỉnh hoặc thay thế hay không; 
• Khoản thuế có liên quan đến hoàn thuế, thanh tra hoặc kiểm tra thuế hay không. 

Bỏ sót hóa đơn chỉ là sai sót về thời điểm kê khai, không làm phát sinh quyền khấu trừ nếu giao dịch vốn không đáp ứng điều kiện khấu trừ.

5. Kê Khai Thừa Thuế GTGT Đầu Vào Xử Lý Thế Nào?

Đây là nghiệp vụ dễ gây rủi ro truy thu hơn vì doanh nghiệp có thể đã hưởng số khấu trừ cao hơn số thực tế được hưởng.

Trường hợp 1: Sau điều chỉnh làm tăng thuế phải nộp

Giả sử Quý II/2026:

• Thuế GTGT đầu ra: 100 triệu đồng; 
• Thuế GTGT đầu vào đã kê khai: 98 triệu đồng; 
• Thuế phải nộp: 2 triệu đồng. 

Sau rà soát, phát hiện 5 triệu đồng thuế GTGT đầu vào đã kê khai thừa.

Thuế GTGT đầu vào đúng: 98 – 5 = 93 triệu đồng.

Thuế GTGT phải nộp đúng: 100 – 93 = 7 triệu đồng.

Doanh nghiệp đã thiếu: 7 – 2 = 5 triệu đồng.

Trường hợp này phải:

• Khai bổ sung Quý II/2026; 
• Nộp thêm 5 triệu đồng; 
• Xác định tiền chậm nộp theo quy định. 

Không được chỉ đưa 5 triệu đồng vào [37] ở kỳ hiện tại rồi coi như hoàn tất, bởi nghĩa vụ thuế của kỳ có sai sót chưa được xác định lại đúng.

Trường hợp 2: Chỉ làm giảm số thuế còn được khấu trừ

Giả sử Quý II doanh nghiệp còn được khấu trừ chuyển kỳ sau 40 triệu đồng nhưng phát hiện đã kê khai thừa 5 triệu đồng.

Số đúng: 40 – 5 = 35 triệu đồng.

Không phát sinh thêm thuế phải nộp.

Trường hợp này thuộc nhóm điều chỉnh tại kỳ phát hiện; việc sử dụng chỉ tiêu [37] được xác định theo hướng dẫn của tờ khai 01/GTGT.

Đây là một ví dụ rất phù hợp để giải thích cho người làm kế toán rằng: Cùng một sai sót 5 triệu đồng nhưng kết quả thuế khác nhau thì cách khai cũng khác nhau.

6. Khi Nào Sử Dụng Chỉ Tiêu [37] Và [38]?

Chỉ tiêu [37] và [38] không phải là “nơi chứa” tất cả các sai sót của kỳ trước.

Chỉ tiêu 37 và 38 dùng để điều chỉnh giảm hoặc tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ

Chỉ tiêu [37]

Phản ánh khoản điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước trong các trường hợp thuộc hướng dẫn.Có thể phát sinh khi:

• Kê khai thừa đầu vào nhưng chỉ làm giảm số thuế còn được khấu trừ; 
• Thuế đầu vào trước đây đã khấu trừ nhưng sau đó không đáp ứng điều kiện; 
• Hàng trả chậm, trả góp đến hạn nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định. 

Chỉ tiêu [38]

Phản ánh khoản điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước trong trường hợp pháp luật cho phép.

Ví dụ, doanh nghiệp trước đây đã điều chỉnh giảm vì chưa có chứng từ thanh toán; sau đó có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đáp ứng điều kiện thì được kê khai khấu trừ tại kỳ có chứng từ.

Lưu ý đặc biệt đối với hóa đơn điều chỉnh, thay thế

Từ 01/7/2026, không nên viết chung rằng mọi hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế đều kê khai vào kỳ nhận hóa đơn.

Đối với các trường hợp đặc thù tại khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, người mua kê khai hóa đơn điều chỉnh vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh. Cơ quan thuế cũng đã có hướng dẫn theo hướng này. 

Các trường hợp hóa đơn sai khác phải tiếp tục đối chiếu quy định về xử lý hóa đơn và quy định về khai bổ sung, thay vì áp dụng máy móc cùng một cách kê khai.

7. Hàng Mua Trả Chậm, Trả Góp Từ 5 Triệu Đồng Kê Khai Thuế GTGT Thế Nào?

Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị mua từ 5 triệu đồng trở lên, Nghị định 144/2026/NĐ-CP yêu cầu theo dõi đồng thời hợp đồng bằng văn bản, hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. 

Cách khấu trừ thuế GTGT với hàng mua trả chậm trả góp từ 5 triệu đồng theo thời hạn thanh toán

Chưa đến hạn thanh toán

Nếu chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đáp ứng các điều kiện còn lại, dù tại thời điểm kê khai chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. 

Đã đến hạn nhưng chưa có chứng từ thanh toán

Khi đã đến hạn thanh toán mà doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với phần giá trị chưa đáp ứng điều kiện vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng. 

Sau đó mới thanh toán hợp lệ

Nếu sau khi điều chỉnh giảm, doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đáp ứng quy định thì được kê khai, khấu trừ lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng tại kỳ có chứng từ thanh toán. 

Ví dụ

Doanh nghiệp mua máy móc:

• Giá chưa thuế: 200 triệu đồng; 
• Thuế GTGT: 20 triệu đồng; 
• Hạn thanh toán: 31/7/2026. 

Doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ 20 triệu đồng.

Đến 31/7/2026 vẫn chưa thanh toán theo phương thức đáp ứng điều kiện:

→ Thực hiện điều chỉnh giảm tại kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Ngày 10/10/2026 doanh nghiệp chuyển khoản đầy đủ, có chứng từ hợp lệ:

→ Được kê khai khấu trừ lại tại kỳ có chứng từ thanh toán.

Về quản trị thuế, doanh nghiệp nên thiết lập bảng theo dõi riêng đối với công nợ thuộc diện này. Không nên đợi đến thời điểm lập tờ khai mới kiểm tra vì rất dễ bỏ sót các khoản đã đến hạn.

8. Quy Trình 5 Bước Rà Soát Sai Sót Thuế GTGT Đầu Vào

5 bước rà soát sai sót thuế GTGT đầu vào từ xác định sai sót đến chọn kỳ khai và chỉ tiêu điều chỉnh

Bước 1. Xác định bản chất sai sót

Phân biệt:

• • hóa đơn bị lập sai; 
• • hóa đơn đúng nhưng bị bỏ sót; 
• • kê khai trùng; 
• • nhập sai thuế; 
• • chưa đủ điều kiện khấu trừ; 
• • mất điều kiện khấu trừ; 
• • phát sinh lại điều kiện khấu trừ. 

Bước 2. Kiểm tra bộ hồ sơ

Đối chiếu tối thiểu:

• Hóa đơn điện tử; 
• Hợp đồng, phụ lục; 
• Chứng từ giao nhận; 
• Chứng từ thanh toán; 
• Mục đích sử dụng hàng hóa, dịch vụ; 
• Tình trạng điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn. 

Bước 3. Tính lại kỳ phát sinh theo số liệu đúng

Phải xác định:

• Thuế phải nộp tăng hay giảm; 
• Số thuế được hoàn tăng hay giảm; 
• Số thuế còn được khấu trừ thay đổi thế nào. 

Bước 4. Xác định kỳ phải kê khai

Tăng thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn → xem xét khai bổ sung kỳ có sai sót.

Giảm thuế phải nộp hoặc chỉ thay đổi số khấu trừ chuyển kỳ sau → kê khai tại kỳ phát hiện theo quy định.

Bước 5. Xác định chỉ tiêu và hoàn thiện hồ sơ giải trình

Chỉ sau khi hoàn tất bốn bước trên mới quyết định:

• Có lập hồ sơ khai bổ sung hay không; 
• Sử dụng [37] hay [38]; 
• Có phát sinh tiền thuế phải nộp thêm hay không; 
• Có phải tính tiền chậm nộp hay không; 
• Cần lưu những chứng từ nào để giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra. 

Đứng dưới góc nhìn thanh tra thuế, đây chính là điểm doanh nghiệp thường yếu: có bút toán hoặc tờ khai điều chỉnh nhưng không xây dựng được chuỗi chứng từ và lập luận giải thích vì sao điều chỉnh ở kỳ đó.

9. Học Thực Hành Để Xử Lý Đúng Các Tình Huống Kế Toán – Thuế

Những tình huống như hóa đơn đầu vào bỏ sót, kê khai thừa thuế, khai bổ sung hay điều chỉnh [37], [38] cho thấy nghiệp vụ thuế không thể tách rời khỏi chứng từ, hạch toán và hệ thống sổ kế toán.

Khóa học kế toán thực hành và kế toán thuế chuyên sâu tại Kế toán Lê Ánh theo trình độ người học

Với người mới làm kế toán, người trái ngành hoặc chưa nắm chắc quy trình từ chứng từ đến báo cáo, Khóa học Kế toán Tổng hợp Thực hành tại Kế toán Lê Ánh phù hợp hơn. Chương trình hiện được xây dựng theo chu trình từ kiểm tra chứng từ, hạch toán các phần hành, thực hành trên MISA/HTKK/Excel đến lập báo cáo tài chính và tờ khai thuế. 

Tham khảo: Khóa học Kế toán Tổng hợp Thực hành – Kế toán Lê Ánh

Với kế toán đã có nền tảng, đã biết kê khai thuế và lập báo cáo tài chính nhưng muốn nâng khả năng đọc văn bản pháp luật, xử lý case khó, rà soát rủi ro và chuẩn bị hồ sơ khi thanh tra – kiểm tra thuế, Khóa học Kế toán Thuế Chuyên sâu tại Kế toán Lê Ánh phù hợp hơn. Nội dung khóa học tập trung vào phân tích quy định thuế, xử lý sai sót, hoàn thuế, giao dịch liên kết, quyết toán và kỹ năng giải trình hồ sơ thuế. 

Tham khảo: Khóa học Kế toán Thuế Chuyên sâu – Kế toán Lê Ánh

Kết Luận

Xử lý thuế GTGT đầu vào bị sai, sót không nên được thực hiện theo một công thức máy móc. Kế toán cần phân biệt hóa đơn bị lập sai với số thuế đầu vào bị kê khai, khấu trừ sai, sau đó xác định tác động của sai sót đến nghĩa vụ thuế trước khi lựa chọn kỳ khai và chỉ tiêu trên tờ khai.

Có thể khái quát:

Tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn → xử lý theo cơ chế khai bổ sung kỳ có sai, sót.

Giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ thay đổi số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau → kê khai tại kỳ phát hiện theo quy định.

Riêng hóa đơn điều chỉnh, thay thế và các giao dịch mua trả chậm, trả góp cần đối chiếu thêm các quy định chuyên biệt đang áp dụng từ năm 2026.

Từ góc độ kiểm soát rủi ro thuế, câu hỏi quan trọng nhất không phải là “điền vào [37] hay [38]?”, mà là:

“Sau khi đưa giao dịch về đúng bản chất, nghĩa vụ thuế đúng của doanh nghiệp là bao nhiêu và doanh nghiệp có đủ hồ sơ để chứng minh cách xử lý đó hay không?”

Đây là cách tiếp cận giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu, kiểm tra hoặc thanh tra.