Thủ Tục Khai Thuế và Quản Lý Thuế 2025 Có Gì Thay Đổi?

Thủ Tục Khai Thuế và Quản Lý Thuế 2025 Có Gì Thay Đổi? Đây là câu hỏi được nhiều doanh nghiệp, kế toán trưởng và chủ hộ kinh doanh quan tâm ngay từ đầu năm 2025. Việc nắm rõ những điểm mới không chỉ giúp tuân thủ đúng quy định pháp luật, mà còn tối ưu được quy trình quản lý thuế, hạn chế rủi ro xử phạt. Trong bài viết này, Kế toán Lê Ánh sẽ phân tích chi tiết các quy định mới nhất, chỉ ra những thay đổi quan trọng và gợi ý giải pháp áp dụng thực tế để bạn đọc có thể triển khai ngay trong công việc.
I. Định Danh Điện Tử
Sự chuyển dịch từ mã số thuế (MST) truyền thống sang hệ thống định danh điện tử quốc gia là thay đổi nền tảng, định hình lại cách thức tương tác giữa người nộp thuế và cơ quan thuế.
Đối với cá nhân, hộ gia đình, hộ kinh doanh: Từ 01/07/2025, theo Luật Quản lý thuế và Thông tư 86/2024/TT-BTC, số định danh cá nhân (CCCD 12 số) sẽ thay thế MST trong mọi giao dịch với cơ quan thuế. Cơ quan thuế dừng cấp MST mới, chuyển sang quản lý bằng số định danh để đồng bộ dữ liệu, đơn giản thủ tục và nâng cao hiệu quả quản lý.
Đối với doanh nghiệp: Cũng từ 01/07/2025, tổ chức phải đăng ký và sử dụng tài khoản định danh điện tử (VNeID) do Bộ Công an cấp để truy cập Cổng DVCQG và hệ thống eTax. Các tài khoản thuế điện tử cũ sẽ hết hiệu lực sau 30/06/2025, nhằm tăng cường xác thực và bảo mật.
Sự thay đổi này không chỉ là thủ tục hành chính mà còn tạo nền tảng cho cơ sở dữ liệu quốc gia liên thông giữa Dân cư – Thuế – BHXH – Ngân hàng. Khi định danh cá nhân trở thành “chìa khóa” duy nhất, mọi nguồn thu nhập sẽ được minh bạch, ngăn chặn trốn thuế.
Với doanh nghiệp, trách nhiệm kê khai và khấu trừ thuế TNCN sẽ bị giám sát chặt chẽ. Sai lệch giữa kê khai của doanh nghiệp và dữ liệu dân cư dễ dàng bị phát hiện. Do đó, doanh nghiệp cần khẩn trương rà soát, chuẩn hóa dữ liệu nhân sự (họ tên, ngày sinh, số CCCD) để tránh tình trạng MST bị treo, gây ách tắc quyết toán và ảnh hưởng quyền lợi người lao động.
II. Quản Lý Thuế Thương Mại Điện Tử (TMĐT)
Nghĩa vụ khấu trừ và nộp thuế thay của sàn TMĐT: Theo quy định tại Nghị định 117/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/07/2025, các sàn TMĐT, nền tảng số (cả trong và ngoài nước) có chức năng thanh toán trực tuyến sẽ phải thực hiện khấu trừ tại nguồn và nộp thay thuế GTGT, thuế TNCN cho các cá nhân, hộ kinh doanh có hoạt động bán hàng trên nền tảng của mình.

Tỷ lệ khấu trừ chi tiết: Tỷ lệ khấu trừ được áp dụng trên doanh thu của mỗi giao dịch thành công :
Thuế GTGT: 1% đối với hàng hóa; 5% đối với dịch vụ; 3% đối với hoạt động vận tải và dịch vụ có gắn với hàng hóa.
Thuế TNCN (đối với cá nhân cư trú): 0.5% đối với hàng hóa; 2% đối với dịch vụ; 1.5% đối với vận tải và dịch vụ có gắn với hàng hóa.
Thuế TNCN (đối với cá nhân không cư trú): 1% đối với hàng hóa; 5% đối với dịch vụ; 2% đối với vận tải và dịch vụ có gắn với hàng hóa.
Trách nhiệm của các bên: Cá nhân kinh doanh không phải tự kê khai, nộp thuế cho phần doanh thu đã được sàn TMĐT khấu trừ, nhưng phải cung cấp đầy đủ, chính xác thông tin định danh (MST/CCCD). Với giao dịch trên nền tảng không có chức năng thanh toán, người bán vẫn tự thực hiện nghĩa vụ thuế như trước.
Quy định này chuyển gánh nặng tuân thủ từ hàng triệu cá nhân nhỏ lẻ sang một số ít sàn TMĐT lớn – những đơn vị đã có sẵn dữ liệu giao dịch và dòng tiền. Thay vì theo dõi từng người bán online, cơ quan thuế chỉ cần quản lý vài chục sàn lớn, giúp khấu trừ tại nguồn khả thi, tăng tỷ lệ tuân thủ, chống thất thu và tạo cạnh tranh công bằng với cửa hàng truyền thống.
Tuy nhiên, sàn TMĐT trở thành “đại lý thuế” bất đắc dĩ, phải gánh thêm chi phí và quy trình kỹ thuật phức tạp. Song song đó, người bán online buộc phải minh bạch hóa hoạt động, thúc đẩy quá trình “chính quy hóa” mạnh mẽ hơn.
III. Xóa Bỏ Thuế Khoán Cho Hộ Kinh Doanh
Phương pháp tính thuế theo hình thức khoán, vốn tồn tại nhiều bất cập và là kẽ hở gây thất thu ngân sách, sẽ được xóa bỏ theo một lộ trình rõ ràng, thay thế bằng phương pháp kê khai dựa trên doanh thu thực tế.
Giai đoạn 1 (Từ 01/06/2025): Các hộ kinh doanh (HKD) có quy mô doanh thu lớn (từ 1 tỷ đồng/năm) hoạt động trong các lĩnh vực có nguy cơ thất thu cao như ăn uống, khách sạn, bán lẻ... sẽ là đối tượng tiên phong. Họ sẽ không còn được áp dụng thuế khoán và bắt buộc phải chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu trực tiếp với cơ quan thuế.
Giai đoạn 2 (Từ 01/01/2026): Theo tinh thần của Nghị quyết 198/2025/QH15, phương pháp thuế khoán sẽ bị bãi bỏ hoàn toàn. Mọi HKD, không phân biệt quy mô, sẽ phải thực hiện nộp thuế theo phương pháp kê khai, dựa trên sổ sách kế toán và hóa đơn chứng từ hợp lệ.
Để giảm bớt tác động và khuyến khích sự tuân thủ, từ ngày 01/01/2026, ngưỡng doanh thu được miễn thuế GTGT và TNCN đối với HKD và cá nhân kinh doanh sẽ được nâng từ 100 triệu đồng/năm lên 200 triệu đồng/năm.
IV. Các Luật Thuế Sửa Đổi Trọng Yếu
1. Cải tổ thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT 2024 và các Nghị định hướng dẫn (Hiệu lực 01/07/2025)
Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 cùng các nghị định 174/2025/NĐ-CP, 181/2025/NĐ-CP đã tạo ra cuộc “cải tổ” lớn đối với sắc thuế này.
Giảm 2% thuế GTGT (10% xuống 8%): Theo Nghị quyết 204/2025/QH15, chính sách giảm thuế tiếp tục áp dụng từ 01/07/2025 đến 31/12/2026, mở rộng cho lĩnh vực vận tải, logistics và công nghệ thông tin, thúc đẩy kinh tế số.
Ngưỡng 5 triệu đồng cho thanh toán không dùng tiền mặt: Để được khấu trừ thuế đầu vào, hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên (bao gồm thuế) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, thay cho mức 20 triệu trước đây. Quy định áp dụng cả trường hợp mua nhiều lần trong ngày từ cùng một nhà cung cấp.
Điều chỉnh đối tượng chịu thuế:
Chuyển sang chịu thuế 5%: phân bón, máy móc nông nghiệp, tàu đánh bắt xa bờ.
Tăng từ 5% lên 10%: lâm sản chưa chế biến, đường và phụ phẩm, thiết bị giáo dục, hoạt động văn hóa, triển lãm, thể thao…
2. Các quy định quan trọng khác
- Hoàn thuế: Bổ sung trường hợp được hoàn thuế đối với cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5% nếu có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc 4 quý.
- Hàng khuyến mại: Giá tính thuế GTGT được xác định bằng 0 đối với hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại theo quy định của pháp luật về thương mại, tháo gỡ vướng mắc tồn tại nhiều năm.
- Khai bổ sung sai sót: Luật mới hướng dẫn cụ thể cách thức xử lý khi phát hiện sai sót về thuế GTGT đầu vào, cho phép kê khai bổ sung trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
V. Cải Cách Thuế TNDN theo Luật Thuế TNDN 2025
Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/10/2025, áp dụng cho kỳ tính thuế năm 2025) mang đến nhiều thay đổi đột phá, đặc biệt trong hỗ trợ DNNVV và mở rộng cơ sở thuế với kinh tế số.
Thuế suất ưu đãi theo bậc doanh thu:
15% cho doanh nghiệp có doanh thu ≤ 3 tỷ đồng/năm.
17% cho doanh nghiệp có doanh thu > 3 – 50 tỷ đồng/năm.
Lưu ý: Không áp dụng nếu doanh nghiệp thuộc giao dịch liên kết mà có bên không đáp ứng điều kiện ưu đãi.
Nghĩa vụ thuế của nhà cung cấp nước ngoài: Các đơn vị kinh doanh thương mại điện tử, nền tảng số phát sinh thu nhập từ Việt Nam dù không có cơ sở thường trú vẫn phải nộp thuế TNDN.
Mở rộng ưu đãi thuế: Bổ sung cho lĩnh vực công nghệ cao, chuyển đổi số, năng lượng tái tạo, khởi nghiệp sáng tạo, kinh tế xanh (chuyển nhượng tín chỉ carbon, trái phiếu xanh).
Bù trừ lỗ từ chuyển nhượng BĐS: Doanh nghiệp được bù trừ lỗ từ BĐS, dự án đầu tư vào thu nhập chịu thuế từ SXKD khác (trừ lĩnh vực được ưu đãi).
Việc áp dụng thuế suất lũy tiến thay cho mức 20% phổ thông giúp giảm gánh nặng cho DNNVV, tạo lợi thế cạnh tranh và khuyến khích hộ kinh doanh lớn chuyển đổi thành doanh nghiệp. Đây là bước ngoặt chính sách, vừa hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ, vừa thúc đẩy tái cấu trúc nền kinh tế theo hướng minh bạch và bền vững.
VI. Những Thay Đổi Về Thuế TNCN
Năm 2025 chưa có cải cách toàn diện về Luật Thuế TNCN, nhưng nhiều thay đổi về quản lý và thủ tục đã được ban hành, tạo nền tảng cho cải cách sau này.
Bắt buộc dùng chứng từ khấu trừ điện tử (từ 01/06/2025): Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC, tổ chức chi trả thu nhập phải dừng chứng từ giấy, chuyển sang chứng từ điện tử, số hóa toàn bộ quy trình khấu trừ thuế.
Định hướng cải cách Luật Thuế TNCN:
Điều chỉnh mức giảm trừ gia cảnh theo biến động CPI và mức sống.
Rút gọn biểu thuế từ 7 bậc xuống 5 bậc để đơn giản tính toán, hạn chế “nhảy bậc”.
Siết quản lý: bổ sung biện pháp cưỡng chế như tạm hoãn xuất cảnh với cá nhân nợ thuế từ 50 triệu đồng quá 30 ngày sau thông báo.
Dù các thay đổi lớn chưa áp dụng ngay, nhưng việc triển khai chứng từ điện tử, quản lý thuế qua sàn TMĐT và liên thông dữ liệu CCCD cho thấy cơ quan thuế đang hoàn thiện hạ tầng dữ liệu. Đây là bước chuẩn bị quan trọng để tiến tới một Luật Thuế TNCN mới, công bằng và hợp lý hơn, có thể áp dụng trong vài năm tới.
Qua những phân tích ở trên, có thể thấy Thủ tục khai thuế và quản lý thuế 2025 đã có nhiều điểm thay đổi đáng chú ý, đòi hỏi kế toán và doanh nghiệp phải thường xuyên cập nhật để tuân thủ đúng quy định và giảm thiểu rủi ro pháp lý. Việc nắm chắc quy định mới không chỉ giúp công tác kế toán – thuế được thực hiện hiệu quả mà còn hỗ trợ doanh nghiệp tối ưu chi phí, quản lý tài chính minh bạch.
Nếu bạn muốn trang bị kiến thức toàn diện và kỹ năng thực hành vững chắc, hãy tham khảo ngay Khóa học Kế toán Thuế cho người mới bắt đầu tại Kế toán Lê Ánh. Chương trình được xây dựng bởi các giảng viên là chuyên gia nhiều năm kinh nghiệm, giúp học viên vừa hiểu luật vừa làm được việc thực tế, sẵn sàng đáp ứng yêu cầu công việc ngay sau khóa học.